结论前置：公司将年假计入周末是不合法的。根据国务院《职工带薪年休假条例》的相关规定，国家法定休假日、休息日（包括周末）不计入年休假的假期。

详细分析如下：

1. 年假的基本概念与天数计算：

   • 年假是指给职工一年一次的假期，其天数按照职工累计工作年限确定。具体来说，职工连续工作满1年不满10年的，年休假为5天；已满10年不满20年的，年休假为10天；已满20年的，年休假为15天。这些年假天数均是在排除周末休息日的基础上单独计算的，即年假不包含双休日。

2. 年假与周末的关系：

   • 根据国务院《职工带薪年休假条例》第三条明确规定，国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。这意味着，当职工享受年假时，周末并不会被计入年假的天数之内。例如，若职工依法享受5天年假，且这5天年假的起始或结束日期恰好与周末相连，那么周末两天并不包含在这5天年假之中。

3. 公司行为的违法性：

   • 如果公司将年假计入周末，实际上是在减少职工的年假天数，这违反了《职工带薪年休假条例》的规定。职工有权享受完整的年假天数，不受周末等休息日的影响。

4. 职工的权益保障：

   • 职工在发现公司存在将年假计入周末等违法行为时，有权向公司提出异议，并要求公司按照法律规定安排年假。如果公司拒绝改正，职工可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于职工：如果发现公司存在将年假计入周末等违法行为，首先应与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定安排年假。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的权益。
• 对于公司：应严格遵守《职工带薪年休假条例》的规定，合理安排职工的年假时间，确保职工的合法权益得到保障。避免将年假计入周末等违法行为的发生，以免引发劳动纠纷和法律风险。

可能法律后果：

• 如果公司违反《职工带薪年休假条例》的规定，将年假计入周末等休息日，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，公司还可能因违法行为而引发劳动纠纷，需要承担相应的法律责任。

综上所述，公司将年假计入周末是不合法的行为，职工有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。