关于法定节假日公司计算年假是否合法的问题，结论前置如下：
- 若公司征得员工同意，且年假安排合理合法，则法定节假日计算年假是合法的；
- 若公司未与员工协商，强行安排或年假天数不足仍强制使用，则不合法。
详细分析如下：
合法情形
与员工协商一致：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条，用人单位应考虑职工本人意愿，统筹安排年休假。若公司在法定节假日前与员工进行了充分沟通，并获得了员工的书面同意，将放假时间用年休假来抵充，这种做法是合法的。
- 举例：公司因业务调整，在法定节假日期间统一放假，并提前召开员工大会说明情况，获得员工同意后实施，此做法符合法律规定。
符合年休假天数规定：
- 员工累计工作满1年不满10年，年休假5天；已满10年不满20年，年休假10天；已满20年，年休假15天。在法定情形下，如因不可抗力导致公司无法正常生产经营，公司可以在保障员工年休假权益的前提下，统筹安排员工休年休假。
- 举例：因自然灾害导致生产场地被破坏，公司通知员工放假，并使用年休假进行冲抵，这种安排通常被认可。
合理安排与提前通知：
- 公司应确保年休假的安排合理，且提前通知员工，以保障员工的休息权利和知情权。
不合法情形
未协商强行安排：
- 如果公司未与员工进行任何协商，单方面决定将法定节假日的放假时间用年休假来冲抵，这违反了“考虑职工本人意愿”的规定，属于不合法行为。
- 举例：公司突然通知员工在法定节假日放假，并直接告知算作年休假，员工没有表达意见的机会，这种做法侵犯了员工对年休假的自主安排权。
年休假天数不足仍强制使用：
- 当员工的年休假已经休完或剩余天数少于公司安排的放假天数时，公司仍强行用年休假来抵充放假时间，这也是不合法的。
- 举例：员工全年年休假为5天，已休3天，还剩2天，但公司却安排其放假5天并全部按年休假处理，这超出了员工应享受的年休假范围，损害了员工的合法权益。
总结与建议：
公司在法定节假日计算年假的合法性取决于是否征得员工同意、是否合理安排以及是否符合相关法律法规。为确保操作的合法性，公司应提前与员工沟通并征得其同意，合理安排年休假时间，并确保不违反相关法律法规的规定。同时，员工也应了解自己的年休假权益，如遇不合法情况，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。