结论前置：签订不定时工作制但每天安排员工在固定时间段固定上班12小时的合同，其合法性需结合具体情况判断，若未经劳动行政部门审批或未能保障劳动者休息权利，则该合同中关于工作时间的约定可能被视为不合法。以下从不同角度进行分析：

一、不定时工作制的本质与审批要求

不定时工作制是一种特殊工时制度，它没有固定的工作时间限制，但企业仍需保障职工的休息休假权利，确保其身体健康。实施不定时工作制，必须经过劳动行政部门的审批。若未经审批，即使劳动合同中约定了不定时工作制，该约定也可能因违反法定程序而被视为无效。

二、固定时间段固定上班12小时与不定时工作制的冲突

不定时工作制的核心在于工作时间的灵活性，而固定时间段固定上班12小时则明显违背了这一原则。即使劳动合同中约定了不定时工作制，但若实际执行中员工被要求在固定时间段内固定上班12小时，这实际上构成了对不定时工作制的滥用，可能损害劳动者的休息休假权利。

三、加班工资的支付问题

根据《劳动法》的规定，即使在不定时工作制下，劳动者实际工作达到或超过正常工作时间（一般理解为8小时）的部分，也应认定为加班，并依法支付加班工资。若用人单位未支付加班工资，则不仅违反了劳动合同的约定，也违反了法律法规的规定，劳动者有权要求用人单位支付加班工资，并可能因此主张劳动合同中关于工作时间的约定无效。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：若用人单位未经审批实施不定时工作制，或虽经审批但未能保障劳动者休息休假权利，或未依法支付加班工资，则可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。同时，劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼，要求确认劳动合同中关于工作时间的约定无效，并要求用人单位支付加班工资、经济补偿等。

2. 建议：

   • 对于用人单位：应严格遵守国家法律法规，依法申请并实施不定时工作制，确保劳动者的休息休假权利不受侵害，并依法支付加班工资。
   • 对于劳动者：若发现用人单位存在违法实施不定时工作制、未保障休息休假权利或未支付加班工资等行为，应及时向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，以维护自己的合法权益。

最后，劳动合同的合法性不仅取决于其形式上的约定，更取决于其实质上的执行情况。若您在签订或执行劳动合同过程中遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。