结论前置：店长因过期食品被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理、是否经过民主程序制定并公示，以及扣工资是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司关于因过期食品扣店长工资的规章制度未经上述民主程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度可能被认定为无效，以此为依据扣工资则不合法。
规章制度公示性：
- 规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司未将相关规章制度公示或告知店长，店长有权主张不知情，从而质疑扣工资的合法性。
二、扣工资合法性的角度
扣工资的合法情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果店长因疏忽或故意导致过期食品上架销售，给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求店长赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但扣除的比例和金额需符合上述法律规定。
扣工资的非法情形：
- 如果公司无正当理由，或者未按照法律规定和劳动合同约定，擅自扣店长工资，那么这种行为是违法的。店长有权要求公司补发被扣的工资，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、实际操作建议
- 店长角度：如果店长认为公司扣工资的行为不合法，可以先与公司沟通协商，要求公司出示相关规章制度和扣工资的依据。如果协商无果，店长可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司角度：公司应确保规章制度的合法性和公示性，并在扣工资前与店长进行充分沟通，说明扣工资的原因和依据。同时，公司应确保扣工资的比例和金额符合法律规定，避免因此引发劳动纠纷。
总结：店长因过期食品被扣工资是否合法，需根据具体情况判断。如果公司规章制度合法合理、经过民主程序制定并公示，且扣工资符合法律规定，那么这种行为是合法的；反之，则可能不合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。