结论：公司因员工未达到其设定要求而扣底薪的行为，一般是不合法的。以下从不同角度进行分析：

一、法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，工资是劳动者因提供劳动而应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。底薪作为工资的一部分，是劳动者在正常工作时间内应得的固定报酬，用人单位不得随意扣除。

若公司因员工未达到其设定的某些要求（如业绩目标、工作表现等）而扣除底薪，这种行为可能违反了劳动法的相关规定。除非这些要求在劳动合同中有明确约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，否则公司无权单方面扣除底薪。

二、合同角度

劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了底薪的支付条件和方式，并且没有约定因员工未达到某些要求而可以扣除底薪的条款，那么公司扣除底薪的行为就是违约行为。

即使劳动合同中有相关约定，也需要审查这些约定是否合法、合理。如果约定过于苛刻或不合理，可能被视为无效条款，公司仍然不能据此扣除底薪。

三、实际操作角度

在实际操作中，公司可能会以各种理由扣除员工的工资，包括底薪。然而，这种行为往往容易引发劳动争议和纠纷。如果员工认为公司的扣薪行为不合法或不合理，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

四、建议

1. 审查劳动合同：员工应仔细审查自己的劳动合同，了解底薪的支付条件和方式，以及是否有关于扣除底薪的约定。
2. 与公司沟通：如果员工认为公司的扣薪行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通，表达自己的意见和诉求。
3. 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以寻求法律援助，向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

举例说明：假设某员工的劳动合同中明确规定了底薪为5000元/月，且没有约定因未达到业绩目标而可以扣除底薪的条款。如果公司因该员工未达到业绩目标而扣除其底薪，这种行为就是违法的。员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的底薪。

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