结论：公司代为工伤认定但并非实际用人单位，并不直接导致仲裁申请被驳回，能否驳回取决于多种因素，包括申请主体是否适格、证据是否充分、程序是否合法等。以下从不同角度进行分析：
一、申请主体适格性
法律规定的申请主体：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定的申请主体通常包括用人单位、工伤职工或者其近亲属、工会组织。若公司并非实际用人单位，而是代为申请，需明确其代为申请的法律基础或授权情况。
代为申请的合法性：
- 如果公司是基于与实际用人单位的协议、委托或法律义务代为申请工伤认定，且该代为申请行为得到了工伤职工或其近亲属的认可，那么这种代为申请行为在法律上可能是有效的。但若缺乏合法依据或授权，则可能面临申请主体不适格的问题。
二、证据充分性
工伤事实的证据：
- 无论申请主体是谁，都需要提供充分的证据证明工伤事实的存在，如医疗证明、事故报告、证人证言等。若证据不足或存在瑕疵，可能导致工伤认定申请被驳回。
劳动关系证明：
- 工伤认定通常需要证明工伤职工与用人单位之间存在劳动关系。若公司并非实际用人单位，则需提供证据证明其与工伤职工之间存在某种法律关系（如劳务派遣、承包等），以及这种关系与工伤事实之间的关联性。若无法提供充分证据，可能影响工伤认定的结果。
三、程序合法性
申请程序的遵守：
- 工伤认定申请需遵循一定的程序，如提交申请材料、接受调查核实等。若公司在代为申请过程中违反了相关程序规定，如未按时提交材料、未配合调查等，可能导致申请被驳回。
仲裁程序的适用：
- 若工伤认定申请被驳回或工伤职工对认定结果不服，可以依法申请劳动争议仲裁。在仲裁程序中，仲裁机构将审查申请主体的适格性、证据的充分性以及程序的合法性等方面，以作出裁决。
四、可能后果及建议
驳回申请的后果：
- 若仲裁机构认为公司代为申请工伤认定存在主体不适格、证据不足或程序违法等问题，可能会驳回仲裁申请。这将导致工伤职工无法通过仲裁途径解决工伤赔偿问题，可能需要寻求其他法律途径（如诉讼）来维护自己的权益。
建议：
- 对于公司而言，在代为申请工伤认定前，应确保自身具备合法的申请主体资格，并收集充分的证据来证明工伤事实和劳动关系。同时，应严格遵守相关程序规定，以确保申请的合法性和有效性。
- 对于工伤职工而言，若对公司代为申请工伤认定的行为存在疑虑或不满，可以及时向劳动保障行政部门或仲裁机构提出异议，并寻求法律援助或咨询专业律师以维护自己的权益。
总结：公司代为工伤认定但并非实际用人单位，并不直接导致仲裁申请被驳回。能否驳回取决于申请主体的适格性、证据的充分性以及程序的合法性等多个方面。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并寻求专业法律意见以确保自身权益得到妥善维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。