结论前置：三方债务清偿协议盖合同章通常是可以的，但需结合具体情形判断其效力及潜在风险。以下从法律效力和实务操作两个角度展开分析：
1. 法律效力角度：合同章的适用性
根据《民法典》第四百九十条，当事人采用书面形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。合同章（即公司专用合同印章）属于公司合法有效的签约工具，其法律效力与公章等同，均能代表公司意志。因此：
- 若协议主体为公司：使用合同章签署三方债务清偿协议，符合法律形式要求，协议自各方盖章后成立并生效（除非协议另有生效条件）。
- 若协议主体含个人：个人需签字并按手印（若为自然人），公司方使用合同章即可，无需额外要求公章。
例外情形：若公司章程或内部规定明确要求“重大合同必须使用公章”，则使用合同章可能因违反内部规定导致协议在公司内部审批流程中受阻，但不影响协议对外法律效力（仅涉及公司内部责任追究）。
2. 实务操作角度：需注意的风险点
尽管合同章法律上有效，但实务中仍需关注以下细节以避免纠纷：
- 印章真实性：需确认合同章为备案章（可通过企业信用信息公示系统或印章备案机构查询），防止伪造印章导致协议无效。
- 授权范围：若签约代表非法定代表人，需核查其是否有公司出具的授权委托书，明确授权范围（如“代为签署债务清偿协议”），否则可能构成无权代理。
- 协议内容完整性：协议应明确三方债务关系（如原债务金额、清偿方式、期限、违约责任等），避免因条款模糊导致履行争议。
- 登记或备案要求：若涉及不动产抵押、股权质押等担保措施，需依法办理登记手续，否则担保权可能不设立。
3. 建议操作步骤
- 核查印章：要求对方出示合同章备案证明，或通过公开渠道验证印章真实性。
- 确认授权：要求签约代表出示授权委托书，并留存复印件。
- 审核协议条款：确保协议内容完整、无歧义，必要时由律师起草或审核。
- 履行手续：若涉及担保，及时办理登记；若需公证，可同步申请。
总结：三方债务清偿协议使用合同章签署在法律上有效，但需确保印章真实、授权明确、条款完备。若您对协议条款或印章真实性有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体协议内容为您提供进一步分析。