合同章是可以盖在协议上的，且加盖合同章的协议在符合法律规定和其他生效要件的情况下，具有法律效力。以下是对此问题的详细解释：

一、合同章的法律效力

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定印章的种类，因此合同章作为公司对外签订合同常用的印章之一，其加盖能够表明协议是经双方协商一致达成的，体现了双方的真实意思表示。

2. 合同章的用途：合同章是单位专门用于签订合同时的印章，它代表了单位在经济活动中的意志和信用。通过加盖合同章，单位明确表示对合同内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。

二、加盖合同章协议的有效性

1. 一般情况：在符合法律及其他生效要件（如内容合法、主体适格等）的前提下，加盖合同章的协议具备法律效力。此外，若在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同同样成立。

2. 特殊情况：

   • 约定优先：若协议双方在事先的约定或协议本身中明确规定了必须使用特定的印章（如公章），则应按照该约定执行。否则，即使加盖了合同章，也可能因不符合约定而导致协议不生效或效力受到质疑。
   • 印章的真实性和合法性：使用合同章时，必须确保印章的真实性和合法性。若印章系伪造或未经授权使用，则加盖该印章的协议将不具有法律效力。因此，在盖章前应仔细核对印章的真伪和授权情况。
   • 其他生效要件：除了盖章外，协议的生效还需满足其他法定要件，如协议内容必须合法、主体必须具备相应的民事行为能力、意思表示必须真实等。只有同时满足这些要件，协议才能具备完整的法律效力。

三、实际操作中的建议

1. 确认合同章的真实性：在使用合同章时，务必确认其真实性，避免使用伪造或无效的印章。这可以通过比对公司备案的合同章样本或向相关部门查询等方式进行验证。

2. 确保协议内容合法合规：协议的内容必须合法合规，不得违反相关法律法规的规定。例如，协议中不能包含侵犯他人合法权益、违反公序良俗等条款。否则，即使协议盖章生效，也可能因内容违法而被认定为无效。

3. 妥善保管协议原件：双方应当妥善保管好协议的原件，以便在需要时能够证明协议的存在和内容。如果协议丢失或损毁，可能会给双方带来不必要的麻烦和损失。

4. 咨询专业意见：如果在签订协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助双方顺利签订合法有效的协议。

综上所述，合同章是可以盖在协议上的，且加盖合同章的协议在符合法律规定和其他生效要件的情况下具有法律效力。在实际操作中，应注意遵守相关法律规定和约定，确保印章的真实性和合法性，以保障协议的合法有效性和双方的权益。