结论：银行三方协议可以盖合同专用章，只要该印章真实有效，且协议内容符合法律法规规定，是各方真实意思表示，则协议即具有法律效力。不过，为确保协议的合法性和有效性，建议在加盖合同专用章的同时，由法定代表人或授权代表签字并注明日期。

详细分析：

1. 三方协议与合同专用章的法律性质：

   • 三方协议，本质上是一种涉及三方当事人权利与义务的民事合同。它明确了各方在特定交易或合作中的责任、权利和义务。
   • 合同专用章，是法人用于对外签订合同等民事法律行为的专用印章。它代表了法人的意志，具有签订合同的法律效力。因此，在三方协议上加盖合同专用章，从法律角度是能够认可该协议的效力的。

2. 实际操作中的盖章要求与注意事项：

   • 在实际操作中，不同机构或单位可能对盖章有具体要求。有些可能更倾向于使用单位公章，因为公章代表了法人的整体意志。但合同专用章同样具有法律效力，只要它是真实有效的。
   • 为避免因盖章问题导致协议出现瑕疵或不被认可，建议在签署三方协议前，先与相关方（如银行、其他合作方）进行沟通确认，明确盖章要求。
   • 同时，要确保合同专用章的真实性和有效性。如果印章存在伪造、冒用等情况，将严重影响协议的法律效力。

3. 增强协议合法性与有效性的措施：

   • 除了加盖合同专用章外，建议同时由法定代表人或授权代表签字并注明日期。这一做法可以进一步确认各方对协议内容的认可和签署，增强协议的合法性和有效性。
   • 签字和注明日期也是协议签署的重要环节，它们能够证明协议是在特定时间由特定人员签署的，有助于后续的法律纠纷解决。

4. 可能遇到的法律后果与风险防范：

   • 如果三方协议上加盖的合同专用章不真实或无效，或者协议内容存在违法违规情况，那么该协议可能面临被认定无效的法律风险。
   • 为防范此类风险，建议在签署协议前对印章的真实性和有效性进行核实，并确保协议内容符合相关法律法规的规定。
   • 如果对印章的使用或协议内容存在疑问，应及时咨询专业律师（即我，桑文君律师）以获取法律意见，确保自身权益得到充分保障。

总结与建议： 银行三方协议可以盖合同专用章，但为确保协议的合法性和有效性，建议同时由法定代表人或授权代表签字并注明日期。在签署协议前，应与相关方沟通确认盖章要求，并核实印章的真实性和有效性。如果对印章使用或协议内容有任何疑问，可以直接向我咨询以获取专业法律意见。