三方协议是可以盖合同章的，只要该印章真实有效，且协议内容符合法律法规规定，是各方真实意思表示，则协议即具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：

一、三方协议与合同章的法律效力

1. 三方协议的性质：三方协议本质上是一种民事合同，它明确了毕业生、用人单位及学校三方在毕业生就业过程中的权利和义务。这种协议具有民事合同的法律特征，即各方意思表示一致，内容合法，即具有法律效力。

2. 合同章的法律效力：合同章是法人用于对外签订合同等相关民事法律行为的专用印章。在签订协议时，加盖合同章即表示法人对该协议内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。因此，合同章在签订三方协议方面具有与公章同等的法律效力。

二、实际操作中的盖章要求

1. 协议约定：如果三方协议中明确规定了需要盖章的类型（如合同章），则必须按照协议要求执行。这是协议各方共同约定的结果，具有法律约束力。

2. 公司内部规定：部分公司或单位可能基于内部管理规定，对签署协议时使用的印章有特定要求。例如，有些公司可能规定只能使用公章来签署三方协议。因此，在签署前需查阅公司或单位的相关规定，或与负责协议签署的部门进行沟通确认。

3. 增强协议合法性与有效性的措施：除了加盖合同章外，建议同时由法定代表人或授权代表签字并注明日期。这一做法可以进一步增强协议的合法性和有效性，确保各方对协议内容的确认和签署。

三、可能遇到的特殊情况及建议

1. 特定情况下需要上级主管部门盖章：对于国有企业、事业单位、机关单位等具有上级主管部门的组织，在签订三方协议时，可能还需要上级主管部门盖章确认。这是为了确保招聘行为符合单位整体规划和政策要求。

2. 学校就业指导中心盖章：学校通过盖章表明已知晓并同意毕业生与用人单位的就业意向，同时承担管理和服务职责，如办理就业派遣手续等。因此，在签订三方协议时，也需要学校就业指导中心的盖章确认。

3. 建议提前沟通与审查：为避免未来可能出现的纠纷和风险，建议在签署三方协议前，与其他两方及公司或单位相关部门进行充分沟通，明确盖章的具体要求和细节。同时，认真审查协议内容，确保其符合法律法规的要求，并保障自身的合法权益。

总结与建议：三方协议可以盖合同章，并且为了确保协议的法律效力，建议在加盖印章的同时由法定代表人或授权代表签字并注明日期。在签署协议前，应明确各方的盖章要求，并仔细审查协议内容。如果对印章的使用或协议内容有任何疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。