合同作废协议使用合同章是可以的，但关键在于该协议需满足合同作废的法定条件，并确保协议内容合法有效。以下从多个角度详细分析：
一、合同作废的法定条件
合同作废，实质上是合同解除或确认无效的一种表述。要使合同作废，需满足以下条件之一：
协商一致解除：根据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条，当事人协商一致，可以解除合同。这意味着，如果双方就合同作废达成一致意见，并签订书面协议，该协议即具有法律效力。在此情况下，使用合同章在协议上盖章，是双方真实意思表示的一种体现，是合法有效的。
行使法定解除权：根据《中华人民共和国民法典》第五百六十三条，存在特定情形时，当事人可以解除合同。这些情形包括因不可抗力导致合同目的无法实现、一方明确表示或以行为表明不履行主要债务等。若合同因这些原因需要作废，且符合法定解除条件，那么双方签订的作废协议同样可以使用合同章盖章确认。
确认合同无效：如果合同存在《中华人民共和国民法典》第一百四十四条、第一百四十六条、第一百五十三条、第一百五十四条规定的无效情形，如无民事行为能力人实施的民事法律行为、以虚假意思表示实施的民事法律行为等，那么合同自始无效。在此情况下，双方签订的确认合同无效的协议，使用合同章盖章也是合法的。
二、使用合同章的注意事项
确保合同章的真实性：合同章是公司或组织在签订合同时使用的专用印章，具有法律效力。因此，在使用合同章时，必须确保其真实性，避免使用伪造或变造的印章。
协议内容合法有效：除了使用真实的合同章外，协议的内容也必须合法有效。协议应明确双方的权利义务、作废原因、生效时间等关键条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。
保留相关证据：在签订合同作废协议时，建议双方保留好相关证据，如沟通记录、协商过程、协议文本等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，将起到重要的证明作用。
三、可能的风险与防范
印章管理风险：如果合同章管理不善，可能导致印章被滥用或盗用。因此，建议公司或组织加强印章管理，建立严格的印章使用审批制度。
协议内容瑕疵风险：如果协议内容存在瑕疵或不明确之处，可能导致双方对协议的理解产生分歧。因此，在签订协议前，建议双方充分沟通、协商，确保协议内容清晰、明确。
总结来说，合同作废协议使用合同章是可以的，但必须确保协议满足合同作废的法定条件，且协议内容合法有效。同时，双方还需注意印章管理和协议内容瑕疵等风险，并采取相应的防范措施。如果你在处理合同作废问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。