结论概述：在协议或合同上作废原有条款或整个协议时，通常并不需要特别盖一个“作废章”。作废的效力主要来源于双方当事人的明确意思表示及符合法律规定的作废方式，而非特定印章的加盖。不过，为了明确表明作废的意图并避免后续纠纷，可以采取一些明确且有效的措施。

详细分析：

1. 作废的意图表示：

   • 作废协议或合同，最重要的是双方当事人要达成一致的意思表示，即都同意该协议或合同不再具有法律效力。这种意思表示可以通过书面形式明确下来，比如签订一份作废协议或者在一式多份的协议或合同上均注明“作废”字样，并由双方签字或盖章确认。

2. 作废的方式：

   • 书面声明：双方可以签订一份书面声明，明确指出原协议或合同作废，并说明作废的原因、日期等关键信息。这份声明应当由双方签字或盖章，以证明其真实性和有效性。
   • 在原协议上标注：如果双方同意，也可以在原协议或合同的每一页上均注明“作废”字样，并由双方签字或盖章。但这种方式可能因原协议或合同的篇幅较长而显得不够实际，且容易引发关于哪些部分作废的争议。
   • 销毁或封存：在双方同意的情况下，还可以选择销毁原协议或合同的原件，或者将其封存起来并由双方共同保管。这种方式可以彻底消除原协议或合同的存在，但需要注意保留好作废的证据，如销毁或封存的记录、照片等。

3. 关于印章的使用：

   • 在作废协议或合同的过程中，并不需要特别盖一个“作废章”。因为印章的主要作用是证明文件的真实性和有效性，而作废的效力并不依赖于特定印章的加盖。当然，如果双方同意在作废声明或原协议上加盖公司章或合同章以表示确认，这也是可以的，但并非必需。

4. 法律后果与注意事项：

   • 作废协议或合同后，双方应当停止履行原协议或合同中的义务，并按照新的约定或法律规定处理相关事宜。
   • 如果作废过程中存在争议或纠纷，双方应当首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
   • 在作废协议或合同前，双方应当仔细审查原协议或合同中的条款，确保作废的意图得到准确表达，并避免遗漏重要信息或引发新的纠纷。

建议与总结：

• 在作废协议或合同时，最重要的是双方要达成一致的意思表示，并通过书面形式明确下来。
• 不需要特别盖一个“作废章”，但可以在作废声明或原协议上加盖公司章或合同章以表示确认（如果双方同意）。
• 作废后应当停止履行原协议或合同中的义务，并按照新的约定或法律规定处理相关事宜。
• 如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您在建设工程或破产重组领域有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。