合作协议通常需要加盖公司公章或合同专用章。以下是对这一问题的详细分析：
公司公章：
- 法律效力：公司公章是公司对外行使权力的象征，具有最高的法律效力。在合作协议上加盖公司公章，意味着公司正式认可并同意协议中的各项条款，愿意承担由此产生的法律责任。
- 使用场景：通常用于重要的、具有法律约束力的文件，如合作协议、合同、授权书等。
合同专用章：
- 法律效力：合同专用章是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公司公章在合同领域内相当。在合作协议上加盖合同专用章，同样表示公司对协议内容的认可和承诺。
- 使用场景：主要适用于各类合同文件，包括但不限于销售合同、采购合同、合作协议等。使用合同专用章可以更加明确地表明该文件是合同性质，有助于减少纠纷和误解。
额外建议：
- 印章管理：无论选择使用公司公章还是合同专用章，都应确保印章的保管和使用符合公司的内部管理规定。印章应由专人保管，使用时需经过适当的审批流程，以防止印章被滥用或盗用。
- 协议内容审查：在加盖印章之前，务必对合作协议的内容进行仔细审查。确保协议条款明确、合法、有效，并符合双方的利益和需求。如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师或法律顾问。
- 备份与存档：加盖印章后的合作协议应妥善保管，并制作备份以备不时之需。同时，应按照公司的档案管理规定对协议进行存档，以便日后查阅和参考。
可能遇到的法律后果：
- 如果合作协议上加盖的印章是伪造的或未经授权使用的，那么该协议可能被视为无效或可撤销，导致双方无法依据协议内容主张权利或履行义务。
- 如果协议内容存在违法或违规之处，即使加盖了合法的印章，也可能面临法律制裁或纠纷风险。
因此，在签订合作协议时，务必确保印章的合法性和有效性，并对协议内容进行仔细审查。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。