股东合作协议通常不需要盖公司章即可生效，但具体是否应盖公司章取决于协议中的约定及双方当事人的意愿。以下从不同角度详细分析：

一、协议本质与主体角度

股东合作协议是公司股东之间就设立公司、明确各自权利义务、约定合作事项等达成的协议。其主体是各个股东，约束的是股东彼此之间的关系和行为，而非公司与股东之间或公司对外的文件。因此，从协议的本质和主体来看，股东合作协议并不需要加盖公司章来体现其法律效力。自然人股东签字即可，法人或其他组织股东则应加盖公章或合同专用章。

二、协议生效条件角度

1. 意思表示真实：只要协议是股东的真实意思表示，由股东签字或按手印后，协议即生效并对股东产生法律约束力。这是合同订立的基本原则，也是股东合作协议生效的关键。
2. 法律法规要求：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗。股东合作协议作为民事法律行为的一种，其有效性同样需要满足这些条件。而法律法规并未明确规定股东合作协议必须盖公司章。

三、特殊情况考量角度

尽管通常情况下股东合作协议不需要盖公司章，但在某些特殊情况下，如协议内容涉及公司承担某些义务（需谨慎界定，因为公司不是合伙协议的主体），或者全体股东一致同意加盖公司章以强化协议效力等，也可以考虑加盖公司章。此外，如果协议涉及重大利益或需要对外公示，加盖公司章可以体现公司的正式认可和承诺，增加协议的可信度和执行力。

四、实际操作建议与注意事项

1. 根据实际情况选择：双方当事人可以根据实际情况和意愿来决定是否加盖公司章。如果协议内容简单明了，股东之间信任度高，那么不盖公司章也是可以的。但如果协议内容复杂，涉及重大利益，或者需要对外展示公司的正式态度，那么加盖公司章可能更为妥当。
2. 保障协议严肃性：为了保障协议的严肃性和法律效力，双方当事人可以在协议上签字并盖章（包括公司章、合同章等）。这样做不仅可以增加协议的可信度，还能在发生纠纷时提供更有力的证据支持。
3. 仔细阅读协议内容：在签字盖章前，双方当事人应认真阅读协议内容，确保其真实、合法、有效，并充分理解合同条款的含义和法律后果。避免因对条款理解不清而导致后续纠纷。
4. 核实对方当事人身份：核实对方当事人的身份和资格，确保对方具备签订协议的资格和条件。这是保障协议有效性的重要一环。
5. 考虑盖骑缝章：如果协议有多页，可以考虑盖骑缝章以确保协议的完整性和真实性。这可以防止协议被篡改或替换，保障双方当事人的权益。

总结：股东合作协议是否应盖公司章并没有绝对的答案，它主要取决于协议中的具体约定、双方当事人的意愿以及实际情况的需求。在法律法规允许的范围内，双方当事人可以根据自身情况做出最合适的选择。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。