公司之间的协议通常可以加盖公章或合同专用章。以下是对这一问题的详细分析：
一、公章
定义及权威性：
- 公章是公司处理内外部事务的印鉴，代表公司的正式意志和承诺，具有最高的法律效力。
适用场景：
- 在签订各类协议时，使用公章能充分体现公司对协议内容的认可和承担相应法律责任的意愿。
- 特别是当协议涉及金额较大、期限较长或者对公司财务状况有重大影响时，使用公章更为合适，以体现双方对该协议的重视以及确保法律效力的完备性。
二、合同专用章
定义及用途：
- 合同专用章是公司专门用于签订各类合同的印章，其效力范围主要限于合同签订领域。
适用场景：
- 在签订具体的业务合同、合作协议等文件时，使用合同专用章更为常见和规范。
- 如果公司设有专门的合同管理部门，并且该部门负责处理日常的合同签署事宜，那么在协议上使用合同专用章也是被认可的，这有助于提高办事效率，并符合公司内部的管理规定。
三、注意事项
印章备案：
- 无论使用公章还是合同专用章，都必须是经过合法备案的。若未经备案，可能会影响协议的效力认定。
印章选择：
- 在实际操作中，应按照公司内部的印章管理制度，并结合具体协议的性质和用途，选择合适的印章加盖。
- 若公司有专门的合同章，优先使用合同章签订协议更为适宜，这样能体现公司合同管理的专业性和规范性。但若没有合同章或者特殊情况下，使用公章同样能使协议具备法律效力。
其他印章：
- 财务专用章主要用于公司财务核算、银行结算等相关业务，不能替代公章或合同专用章在协议上的作用。
- 部门章一般仅在公司内部特定部门范围内使用，对外不具有代表公司整体的法律效力，因此也不能用于公司之间的协议盖章。
建议：公司在签署协议时，应根据协议的性质、用途以及公司内部的印章管理制度，选择合适的印章进行加盖。同时，要确保所使用的印章已经过合法备案，以保障协议的法律效力和双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。