协议书可以盖合同章，且在符合法律规定和其他生效要件的情况下，加盖合同章的协议书具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：
一、合同章的法律效力
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定印章的种类，因此合同章作为公司对外签订合同常用的印章之一，其加盖能够表明协议书是经双方协商一致达成的，体现了双方的真实意思表示。在符合法律及其他生效要件（如内容合法、主体适格等）的前提下，加盖合同章的协议书具备法律效力。
二、合同章的用途与功能
- 用途：合同章是单位专门用于签订合同时的印章，它代表了单位在经济活动中的意志和信用。通过加盖合同章，单位明确表示对合同内容的认可，并愿意承担相应的法律责任。
- 功能：
- 确认效力：在协议书上加盖合同章，是对协议书内容和条款的进一步确认和保障，使协议书具备更强的法律效力。
- 证据作用：当协议书双方在履行过程中发生争议时，加盖合同章的协议书可作为重要证据，证明双方的权利义务关系和约定内容，有助于维护双方的合法权益。
三、特殊情况和注意事项
- 约定优先：若协议书双方在事先的约定或协议书本身中明确规定了必须使用特定的印章（如公章），则应按照该约定执行。否则，即使加盖了合同章，也可能因不符合约定而导致协议书不生效或效力受到质疑。
- 印章的真实性和合法性：使用合同章时，必须确保印章的真实性和合法性。若印章系伪造或未经授权使用，则加盖该印章的协议书将不具有法律效力。因此，在盖章前应仔细核对印章的真伪和授权情况。
- 其他生效要件：除了盖章外，协议书的生效还需满足其他法定要件，如协议书内容必须合法、主体必须具备相应的民事行为能力、意思表示必须真实等。只有同时满足这些要件，协议书才能具备完整的法律效力。
四、实际案例与操作建议
在实际操作中，许多企业都使用合同章来签订各类协议书，这是合法且常见的做法。然而，为了确保协议书的合法有效性和双方的权益，我建议：
- 在签订协议书前，仔细审查协议书的内容，确保其合法、合规且符合双方的利益。
- 明确约定协议书的生效条件，包括是否需要加盖特定印章、是否需要法定代表人签字等。
- 建立健全印章管理制度，确保印章的安全和合规使用，防止伪造或冒用。
- 在签订协议书时，严格按照内部管理制度和程序进行操作，确保每次使用都有明确的记录和审批流程。
综上所述，协议书可以盖合同章，且在符合法律规定和其他生效要件的情况下具有法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。