结论前置：已经发生法律效力的再审案件，检察院以情节显著轻微不认为是犯罪为由撤诉，这一行为在符合法定程序和条件的情况下是合法的。

详细分析：

1. 法律依据与程序要求：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查起诉阶段，如果发现犯罪嫌疑人的犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，可以作出不起诉决定。这一原则同样适用于再审案件，尽管再审案件已经经过了一审、二审甚至之前的再审程序，但如果检察院在再审过程中发现新的证据或事实，足以证明原判决认定的犯罪情节显著轻微，不构成犯罪，那么检察院有权提出撤诉。
   • 撤诉程序需严格遵循法律规定，包括但不限于通知当事人、提交撤诉申请书、法院审查等步骤。只有经过法院审查并裁定准许撤诉后，撤诉行为才具有法律效力。

2. 撤诉的合法性与合理性：

   • 合法性：检察院作为国家的法律监督机关，其撤诉行为必须基于事实和法律，且符合法定程序。在再审案件中，如果检察院认为原判决认定的犯罪情节显著轻微，不构成犯罪，那么撤诉是合法的，因为这符合刑事诉讼法的立法目的和原则。
   • 合理性：从司法实践的角度来看，撤诉有助于节约司法资源，避免不必要的审判程序。如果检察院在再审过程中发现原判决确实存在错误，且错误在于对犯罪情节的认定上，那么撤诉并重新审查案件，有助于更准确地打击犯罪，保护当事人的合法权益。

3. 可能存在的争议与风险：

   • 争议点：一方面，有人可能认为再审案件已经经过多次审理，检察院此时撤诉可能损害司法权威性和稳定性；另一方面，也有人认为撤诉是检察院依法行使职权的表现，有助于纠正错误的判决。
   • 风险防控：为避免撤诉行为引发不必要的争议和风险，检察院在撤诉前应进行充分的审查和论证，确保撤诉决定基于充分的事实和法律依据。同时，法院在审查撤诉申请时也应严格把关，确保撤诉行为符合法定程序和条件。

4. 对当事人的影响与建议：

   • 影响：撤诉对当事人而言可能意味着案件的终结或重新审查。如果撤诉后案件终结，那么当事人将不再面临刑事追究；如果撤诉后案件重新审查，那么当事人需要积极配合调查，提供相关证据和材料。
   • 建议：对于当事人而言，面对检察院的撤诉决定，应保持冷静和理性。如果认为撤诉决定存在错误或不当之处，可以依法向检察院提出异议或申请复议；同时，也可以咨询专业律师的意见，了解自己的权利和义务，以便更好地维护自己的合法权益。

总结与提醒：已经发生法律效力的再审案件，检察院以情节显著轻微不认为是犯罪为由撤诉，在符合法定程序和条件的情况下是合法的。然而，撤诉行为也可能引发一定的争议和风险，因此检察院和法院在作出撤诉决定和审查撤诉申请时应严格把关。如果您或您身边的人遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。