结论：检察院在已被法院判决认定的指令再审案件中，以情节显著轻微为由撤诉，这一做法在法律上是存在合法性的，但具体是否合法需结合案件具体情况及检察院的撤诉理由是否充分、合理来判断。
分析说明：
检察院的撤诉权：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在审查起诉阶段，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。这一规定同样适用于再审案件的审查阶段，尽管再审案件有其特殊性，但检察院的撤诉权（在此情境下更准确地表述为不起诉决定权）并未被剥夺。
- 在再审案件中，如果检察院认为原判决确有错误，但经过重新审查后发现犯罪情节显著轻微，不构成犯罪或不需要判处刑罚，那么检察院有权根据法律规定作出不起诉决定，从而终止诉讼程序。
撤诉的合法性条件：
- 检察院撤诉（不起诉）的合法性取决于其撤诉理由是否充分、合理，以及是否符合法律规定的条件。在本案中，检察院以“情节显著轻微”为由撤诉，这一理由在法律上是被认可的，但关键在于检察院是否能够提供充分的证据和理由来支持这一判断。
- 检察院在作出不起诉决定前，应当进行充分的审查，包括重新审查案件事实、证据以及法律适用等，确保不起诉决定的合法性和合理性。
再审案件的特殊性：
- 再审案件通常是因为原判决存在错误或瑕疵而启动的，因此检察院在审查再审案件时需要更加谨慎和严格。然而，这并不意味着检察院在再审案件中不能作出不起诉决定。只要检察院的撤诉理由符合法律规定，且经过充分审查认为不起诉是合适的，那么其撤诉行为就是合法的。
行动建议：
- 对于当事人：如果当事人对检察院的撤诉决定有异议，可以依法申请复议或向上一级检察院申诉，以维护自己的合法权益。
- 对于检察院：在作出撤诉决定前，应当进行充分的审查和调查，确保撤诉理由的充分性和合理性。同时，检察院也应当加强与法院、当事人及其辩护人的沟通，确保撤诉决定的公正性和透明度。
法律背景：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条：“对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”这一条款为检察院在再审案件中以情节显著轻微为由撤诉提供了法律依据。
可能后果：
- 如果检察院的撤诉决定被认定为合法且合理，那么诉讼程序将终止，当事人将不再面临刑事追究。
- 如果检察院的撤诉决定被认定为违法或不合理，那么当事人有权依法申请复议或申诉，以维护自己的合法权益。同时，检察院也可能面临法律监督和责任追究。
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