结论：由于项目负责人的过错造成公司经济损失，公司一般不可以直接扣工资，但在特定条件下，公司可以按照劳动合同的约定要求赔偿经济损失，并从工资中扣除，不过扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
分析说明：
一般原则：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但这一规定并不意味着公司可以直接扣工资，而是需要遵循一定的程序和限制。
扣除工资的条件与限制：
- 劳动合同约定：公司必须与劳动者在劳动合同中明确约定，因劳动者原因造成经济损失时，需要承担赔偿责任。
- 经济损失的合理性：公司需要证明经济损失是由劳动者的过错直接造成的，且经济损失的数额是合理的。
- 扣除比例与最低工资标准：即使劳动合同中有约定，公司从劳动者工资中扣除赔偿费用时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则公司需按照最低工资标准支付劳动者工资。
实际操作中的注意事项：
- 证据收集：公司在主张赔偿时，需要收集充分的证据证明经济损失是由项目负责人的过错造成的，以及经济损失的具体数额。
- 协商与调解：在扣除工资前，公司应与劳动者进行协商，尽量通过调解的方式解决争议。如果协商不成，公司可以考虑通过法律途径解决。
- 法律程序：如果公司决定通过法律途径解决争议，需要遵循相关的法律程序，如提起劳动仲裁或诉讼等。
特殊场景：
- 如果项目负责人是故意或重大过失造成公司经济损失的，公司可能更有理由要求赔偿，但仍需遵循上述扣除工资的条件与限制。
- 如果劳动合同中没有明确约定赔偿条款，公司可能难以直接要求项目负责人赔偿经济损失，或者需要通过其他法律途径（如侵权诉讼）来主张权利。
后续行动建议：
- 如果您是公司方，建议在与劳动者签订劳动合同时，明确约定因劳动者原因造成经济损失时的赔偿责任和赔偿方式。同时，在发生经济损失时，及时收集证据并与劳动者进行协商。
- 如果您是劳动者方，建议仔细阅读劳动合同中的赔偿条款，了解自己的权利和义务。如果公司要求扣除工资作为赔偿，您可以要求公司出示相关证据，并确保扣除的比例和剩余工资符合法律规定。如有争议，可以寻求法律援助或提起劳动仲裁。
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