核心结论：公司注销后合同签署单位无法开票、收款，可通过变更合同主体、由清算组或股东处理相关事务、与政府协商解决方案等方式来应对。以下是具体情况分析：

1. 变更合同主体
   • 法律依据：根据《民法典》相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。公司注销后，若存在权利义务承受人（如新设立的公司、合并分立后的公司等），可与政府协商变更合同主体，由新的主体继续履行合同，包括开票和收款。
   • 操作方式：需要与政府相关部门进行沟通，说明公司注销的情况以及新的权利义务承受人，提供相关的证明文件（如工商注销登记证明、新公司的营业执照、合并分立协议等），签订合同变更协议，明确新的开票和收款主体。
2. 由清算组或股东处理相关事务
   • 法律依据：公司注销前需进行清算，清算组负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务等。如果公司注销时清算组未处理完与政府的工程合同相关事务，在一定情况下，股东可能需要对未了结事务承担相应责任。
   • 操作方式：若公司处于清算阶段但尚未完成注销，清算组可以继续履行合同义务，开具发票和收取款项。若公司已经注销，需要查看公司注销时的清算报告和相关约定，确定股东是否需要承担责任。如果股东需要承担责任，可由股东与政府协商处理开票和收款事宜，可能需要提供股东决议等文件证明股东愿意承担相关责任。
3. 与政府协商解决方案
   • 法律依据：基于诚实信用原则和公平原则，双方可以协商解决因公司注销导致的合同履行问题。政府作为合同相对方，通常也希望工程能够顺利结算，保障公共利益。
   • 操作方式：主动与政府相关部门取得联系，如实说明公司注销的情况和目前面临的困难，提出合理的解决方案，如由其他关联公司代为开票和收款、分期付款等。在协商过程中，要注意保留好沟通记录，如会议纪要、邮件往来等，以备后续可能出现的纠纷。

在处理此类问题时，要注意保留好与公司注销、合同履行相关的所有文件和证据，如合同原件、工程验收报告、付款记录等。如果与政府协商不成，可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，欢迎随时向我咨询。