核心结论：在收到甲方打款但开票时甲方已注销的情况下，需根据甲方注销后的法律状态、款项性质及双方约定，分情况采取不同措施。以下是具体分析：

1. 核实甲方注销后的法律状态

• 若甲方已完成清算并注销：根据《公司法》第188条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或人民法院确认，并报送公司登记机关申请注销登记。此时，甲方作为法人主体资格已消灭，无法直接向其开具发票。
• 若甲方未完成清算即注销：根据《公司法》第204条，公司在清算期间开展与清算无关的经营活动的，由公司登记机关予以警告，没收违法所得。若甲方在注销前未完成清算义务，可能涉及违法注销，需进一步调查其清算程序是否合法。

2. 款项性质与合同履行情况

• 若款项为预付款或定金：
  • 根据《民法典》第557条，债权债务终止的情形包括债务已经履行、合同解除等。若甲方已支付款项但未履行合同义务（如接收货物或服务），且甲方已注销，可考虑以下路径：

       1. **向甲方股东或清算组主张权利**：若甲方注销时未依法通知债权人，根据《公司法》第185条，清算组应当自成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上公告。若未履行通知义务，债权人可要求清算组成员承担赔偿责任。
       2. **向合同相对方（如甲方母公司或关联方）追偿**：若甲方注销后，其权利义务由其他主体承继（如通过资产重组、并购等方式），可向承继主体主张权利。
    

• 若款项为已履行合同的付款：
  • 若您已按合同约定提供货物或服务，但甲方未支付款项即注销，可依据《民法典》第577条（违约责任）向甲方股东或清算组主张付款义务。若清算组已分配剩余财产，可要求股东在分配范围内承担赔偿责任。

3. 发票开具的合规性处理

• 无法向已注销主体开票：根据《发票管理办法》第19条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。若付款方已注销，无法作为发票的“购买方”信息填写。
• 替代方案：
  1. 向税务机关说明情况：可携带合同、付款凭证、甲方注销证明等材料，向主管税务机关申请开具《无发票收入证明》或类似文件，以证明款项性质及税务合规性。
  2. 与甲方股东或清算组协商：若对方同意，可由其出具书面说明，确认款项性质及无法开票的原因，并作为税务处理依据。
  3. 调整账务处理：若无法开票且无法追偿，需根据《企业会计准则》规定，将款项作为“坏账损失”处理，并留存相关证据备查。

4. 风险防范建议

• 合同中约定注销条款：在签订合同时，可增加“若一方注销，其权利义务由承继主体履行”或“注销方需提前通知并提供担保”等条款，降低风险。
• 及时关注对方经营状态：在合同履行期间，定期通过国家企业信用信息公示系统等渠道查询甲方经营状态，避免因对方注销导致权利落空。
• 保留完整证据链：包括合同、付款凭证、交付凭证、沟通记录等，以证明合同履行情况及款项性质，为后续维权提供依据。

总结：甲方注销后，需根据其注销程序合法性、款项性质及合同履行情况，综合采取向股东/清算组主张权利、调整发票处理方式或账务处理等措施。建议优先与甲方相关方协商，并咨询税务机关及专业律师，确保合规性。如有进一步疑问，可直接向我咨询。