核心结论：甲方跑路后，针对已开具给甲方的发票，需根据发票类型（增值税专用发票或普通发票）及业务实际情况，采取不同的处理措施，同时需注意税务合规及潜在风险防范。以下分情况说明：

1. 若开具的是增值税专用发票

• 已认证抵扣：若甲方已将发票认证抵扣，但未支付款项且失联，你方作为销售方需关注税务风险。根据《增值税暂行条例》及实施细则，增值税专用发票的抵扣需以真实交易为基础。若甲方未付款且失联，可能构成“虚开增值税专用发票”的风险（若被税务机关认定为无真实交易）。建议：立即整理交易合同、发货凭证、对账单等证据，证明交易真实性，并向主管税务机关报备情况，说明甲方失联及未付款事实，避免被认定为虚开发票。
• 未认证抵扣：若甲方未认证抵扣且失联，你方可考虑红冲发票（开具红字增值税专用发票）。操作步骤：需先确认甲方是否已将发票入账，若未入账，可直接红冲；若已入账，需由甲方出具《开具红字增值税专用发票信息表》，你方凭此红冲。若甲方失联无法配合，可向税务机关说明情况，申请“异常红冲”流程（具体以当地税务机关要求为准）。

2. 若开具的是普通发票

• 普通发票无抵扣功能，因此税务风险相对较低。但若甲方未付款且失联，你方需关注合同履行及债权主张问题。建议：
  • 保留证据：整理交易合同、发票、送货单、对账单等，证明你方已履行供货义务，甲方未付款。
  • 尝试联系甲方：通过电话、邮件、短信等方式留存沟通记录，证明你方已积极主张权利。
  • 法律途径：若甲方仍失联，可向法院起诉要求支付货款，并申请财产保全（若知悉甲方财产线索）。同时，可在工商部门查询甲方是否被列入经营异常名录，或通过“国家企业信用信息公示系统”查询其状态。

3. 税务合规及风险防范

• 申报异常处理：若甲方失联导致你方无法确认收入或成本，需在税务申报时如实填报。例如，若已开具发票但未收款，可能需按“未开票收入”申报（具体以税务机关要求为准），避免“有票无收入”的异常申报被税务机关核查。
• 坏账处理：若甲方长期失联且无法收回货款，你方可按《企业所得税法》规定，将符合条件的坏账作为资产损失在税前扣除。条件：需提供证明债务人失联的证据（如法院判决书、工商注销证明等），并留存备查。

4. 后续注意事项

• 合同条款审查：未来签订合同时，建议增加“付款条款”（如预付款、分期付款、违约金等）及“失联处理条款”（如约定甲方失联时视为违约，你方有权终止合同并主张赔偿），降低风险。
• 客户信用管理：对甲方进行背景调查（如信用评级、历史交易记录等），避免与高风险客户合作。

总结：甲方跑路后，发票处理需结合发票类型及业务实际，优先确保税务合规，同时通过法律途径主张债权。若需进一步分析具体证据或操作细节，可直接向我咨询。