结论：挂靠公司注销后，若甲方仍有工程款未支付，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益：一是向挂靠公司的股东、发起人或出资人追偿；二是如果挂靠公司注销时存在未了结的债务，且符合相关条件，您可以申请该公司破产清算，通过清算程序来追讨工程款；三是如果甲方明知挂靠情况仍与您发生业务往来，您也可以考虑直接向甲方主张权利。
详细分析：
向挂靠公司的股东、发起人或出资人追偿：
- 根据《公司法》及相关司法解释，公司注销后，其民事主体资格消灭，但公司的股东、发起人或出资人在公司注销过程中，如果存在未依法清算或存在其他违法行为，导致公司财产不足以清偿债务的，债权人可以要求其承担相应的赔偿责任。
- 在此情况下，您可以收集相关证据，证明挂靠公司注销时存在未清偿的债务，以及股东、发起人或出资人存在过错或违法行为，然后向法院提起诉讼，要求他们承担赔偿责任。
申请挂靠公司破产清算：
- 如果挂靠公司注销时存在未了结的债务，且符合破产清算的条件（如资产不足以清偿全部债务或明显缺乏清偿能力等），您可以向法院申请该公司破产清算。
- 在破产清算程序中，法院会指定管理人接管公司财产，清理债权债务，并按照法定顺序进行清偿。如果您的工程款属于合法债权，且挂靠公司有可供清偿的财产，您有可能通过破产清算程序追回部分或全部工程款。
直接向甲方主张权利：
- 如果甲方在明知挂靠情况的情况下，仍与您发生业务往来，并欠付工程款，您可以考虑直接向甲方主张权利。
- 在此情况下，您需要收集相关证据，证明甲方明知挂靠情况，并且您与甲方之间存在事实上的合同关系或债权债务关系。然后，您可以向法院提起诉讼，要求甲方支付欠付的工程款。
建议与注意事项：
- 在采取任何法律行动之前，建议您先收集并整理好相关证据，如合同、发票、付款记录、沟通记录等，以证明您的债权和挂靠公司的注销情况。
- 考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议您在必要时寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分维护。
- 在与甲方或挂靠公司的股东、发起人或出资人沟通时，保持冷静和理性，避免情绪化行为影响问题的解决。
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