作为挂靠人，如果遇到甲方工程款已经付给挂靠公司，但挂靠公司却拒绝支付给你的情况，你可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：

一、明确法律关系与全面收集证据

首先，要明确你与挂靠公司之间的法律关系。尽管挂靠行为在法律上可能被视为无效，但你已经实际完成了工程项目，因此你有权主张相应的工程款。接下来，需要全面收集证据来支持你的主张，这些证据包括但不限于：

1. 挂靠协议或相关合同：这是证明你与挂靠公司之间存在挂靠关系及双方权利义务的关键文件。
2. 工程相关文件：如中标通知书、施工合同、施工图纸、变更签证、验收报告等，这些文件能够证明你实际参与了工程项目并完成了施工任务。
3. 往来函件与沟通记录：保存所有关于工程款支付的邮件、短信、微信聊天记录以及书面催款函等，这些记录能够体现你与挂靠公司之间的沟通情况和对方的态度。
4. 资金往来记录：如银行转账记录、收款收据等，这些记录能够证明你在项目实施过程中的资金投入以及与挂靠公司的资金流转情况。

二、尝试与挂靠公司进行协商

在收集好证据后，你可以尝试与挂靠公司进行协商。首先，可以主动与挂靠公司负责人进行正式面谈，平和地阐述你的诉求，指出你已经付出的努力和应得的工程款，并要求对方给出合理的解释和支付计划。如果面谈无果，你可以发送书面催告函，强调支付的紧迫性，并限定一个合理的期限，同时告知对方逾期不支付的后果。

三、采取法律手段维护权益

如果协商仍然无法解决问题，你可以考虑采取以下法律手段来维护自己的权益：

1. 发律师函：委托专业律师发送律师函，以专业的法律语言阐明挂靠公司的违约行为及应承担的法律责任，施加压力促使其支付工程款。
2. 申请支付令：如果双方对工程款数额无争议，你可以根据《民事诉讼法》的相关规定向法院申请支付令，要求挂靠公司在规定期限内支付工程款。如果挂靠公司逾期不支付且不提出异议，你可以申请强制执行。
3. 提起诉讼：如果支付令无效或者双方对工程款数额存在争议，你可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，提供充分证据支持你的诉讼请求。法院将依法审理并作出判决。
4. 申请强制执行：如果法院判决你胜诉而挂靠公司仍拒不支付工程款，你可以在规定期限内向法院申请强制执行，通过法律手段实现你的工程款债权。

四、特别提醒与注意事项

1. 挂靠行为风险：挂靠行为在法律上复杂且存在风险，可能被视为违法。在处理纠纷时，你需要考虑自身行为的合法性及可能面临的法律风险。
2. 法律咨询：鉴于挂靠行为的法律复杂性，建议你在整个过程中咨询专业律师的意见和帮助，以确保依法维护自己的合法权益。
3. 保留所有证据：在整个维权过程中，务必保留好所有与工程款支付相关的证据，以备不时之需。
4. 及时采取行动：发现挂靠公司不支付工程款后，应尽快采取措施维护自己的权益，避免错过最佳维权时机。

综上所述，面对挂靠公司拖欠工程款的问题，你应保持冷静和理智，通过收集证据、初步协商及必要的法律手段来维护自己的权益。同时，务必关注挂靠行为的法律风险，并寻求专业律师的帮助和指导。