若挂靠公司单方面终止协议，工程款的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 协议中有明确约定终止条款及工程款支付方式
   若协议中明确约定了“单方终止协议时工程款如何结算”（例如按已完成工程量比例支付、约定违约金等），则双方应优先按协议约定执行。此时，您可要求挂靠公司按约定支付工程款及可能的违约金。若对方拒绝，您可依据协议条款向法院起诉，要求其履行支付义务。

2. 协议未明确约定终止条款，但挂靠公司单方终止构成违约
   若协议未约定终止后的工程款结算方式，但挂靠公司无正当理由单方终止协议（例如未提前通知、未支付已完成工程款等），则其行为可能构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，您有权要求挂靠公司赔偿损失，包括已完成工程的对应款项、因终止协议导致的预期利益损失（如未完工部分的利润）等。此时，您需收集证据（如协议、工程量确认单、沟通记录等）证明对方违约及您的损失，通过协商或诉讼解决。

3. 协议因法定事由终止（如不可抗力、政策调整等）
   若协议终止是因不可抗力（如自然灾害、政府征收等）或政策调整等法定事由导致，且协议中未约定此类情况下的工程款支付方式，则需根据公平原则处理。通常，您可要求挂靠公司支付已完成工程的合理款项，但可能无法主张违约金或预期利益损失。此时，建议双方协商确定支付比例，或通过第三方评估机构确定工程量及价款。

行动建议：

• 第一步：固定证据
  立即收集协议原件、工程量确认单、付款记录、沟通记录（如微信、邮件）等证据，证明您已完成的工作量及挂靠公司终止协议的事实。
  
• 第二步：协商解决
  与挂靠公司沟通，明确要求其按协议或法律规定支付工程款。若对方同意，可签订书面补充协议确认支付金额及时间；若对方拒绝，进入下一步。
  
• 第三步：法律途径
  若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁（视协议约定），要求挂靠公司支付工程款及可能的违约金/赔偿。诉讼中，法院会结合协议约定、实际履行情况及公平原则判决。
  

风险提示：

• 若协议被认定无效（如挂靠行为违反建筑法等强制性规定），您可能无法直接依据协议主张工程款，但可依据《民法典》第七百九十三条要求发包方在欠付工程款范围内支付（若涉及转包/分包）。
  
• 诉讼周期可能较长，建议提前评估资金压力，必要时申请财产保全。
  

如有进一步细节（如协议具体条款、终止原因等），可随时向我补充，我会为您细化分析。