核心结论：当中标公司被注销且甲方已付工程款时，甲方可通过以下途径维护自身权益：1. 追究股东或清算责任人责任；2. 向实际施工人主张权利；3. 通过行政或刑事途径追责。以下结合具体法律分析展开说明：
1. 追究股东或清算责任人责任
根据《公司法》及相关司法解释，公司注销后，其民事责任并非当然消灭。若中标公司注销时未依法清算或存在恶意逃避债务的情形，甲方可主张股东或清算责任人承担赔偿责任：
- 清算义务人责任：若公司未经合法清算即注销（如未通知债权人、未公告等），股东或实际控制人可能被认定为清算义务人，需对公司债务承担连带清偿责任（《公司法司法解释二》第18-20条）。
- 恶意注销责任：若股东通过虚假清算报告、隐匿财产等方式注销公司，可能构成恶意逃避债务，甲方可要求股东在注销前公司财产范围内承担赔偿责任（《公司法司法解释二》第19条）。
- 程序要点：甲方需收集公司注销程序违法的证据（如清算报告、注销登记材料），并通过诉讼确认股东责任。
2. 向实际施工人主张权利
若工程已实际施工且甲方已付款，但中标公司未将款项支付给下游分包商或材料供应商，甲方可能面临被追索的风险。此时可采取以下措施：
- 合同相对性突破：若实际施工人以甲方为被告主张工程款（依据《建设工程司法解释一》第43条），甲方可主张已向中标公司付款，并要求实际施工人向中标公司股东或清算责任人追偿。
- 抗辩权行使：甲方需保留付款凭证、合同等证据，证明已履行付款义务，避免重复支付。
3. 通过行政或刑事途径追责
若中标公司注销涉及违法行为（如虚假注销、骗取工程款等），甲方可向相关部门举报：
- 行政投诉：向市场监管部门举报公司注销程序违法，要求撤销注销登记或追究相关人员行政责任。
- 刑事报案：若存在合同诈骗、职务侵占等犯罪行为，可向公安机关报案，通过刑事程序追赃挽损。
实务建议
- 立即固定证据：收集付款凭证、合同、中标公司注销材料等，证明付款事实及公司注销情况。
- 起诉股东或清算责任人：以股东或清算义务人为被告，提起民事诉讼，要求赔偿损失。
- 申请财产保全：若发现股东或清算责任人有财产，可申请法院冻结以保障执行。
- 协调行政机关：同步向市场监管部门申请调查公司注销程序，为民事诉讼提供支持。
提示：此类案件涉及公司法、合同法及建设工程领域多重法律关系，建议根据具体证据和案情制定诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。