结论：在已经发放工资后发现员工学历造假，用人单位不能直接扣回已发放的工资，但可以通过合法途径追究员工的责任，并可能要求员工赔偿因此造成的损失。
分析说明：
工资发放的合法性：
- 工资是员工提供劳动后应得的报酬，一旦发放，即成为员工的合法财产。用人单位不能因员工后续的行为（如学历造假）而随意扣回已发放的工资。
学历造假的法律后果：
- 学历造假属于欺诈行为，违反了诚实信用原则。如果员工在入职时提供了虚假的学历信息，用人单位有权依据劳动合同或公司规章制度解除与员工的劳动关系。
- 如果学历造假导致用人单位遭受了经济损失（如因员工能力不足而导致的业务损失、培训费用等），用人单位可以要求员工赔偿这些损失。但赔偿的金额和方式需要依据实际情况和法律规定来确定，不能直接从已发放的工资中扣除。
合法途径追究责任：
- 用人单位在发现员工学历造假后，应首先收集相关证据（如入职时的学历证明、后续发现的虚假学历证明、员工的工作表现等）。
- 然后，用人单位可以依据劳动合同或公司规章制度与员工进行协商，要求员工承认错误并赔偿损失。
- 如果协商不成，用人单位可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求员工承担相应的法律责任。
特殊场景：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了学历造假的处理方式和赔偿标准，用人单位可以依据这些规定来追究员工的责任。但即使如此，也不能直接从已发放的工资中扣除赔偿金额，而应通过合法途径进行追偿。
行动建议：
- 收集证据：用人单位在发现员工学历造假后，应尽快收集相关证据，以便后续处理。
- 协商处理：在证据充分的情况下，用人单位可以与员工进行协商，寻求妥善解决方案。
- 法律途径：如果协商不成，用人单位应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，劳动合同无效或者部分无效。用人单位可以据此解除劳动合同，并要求劳动者承担赔偿责任。但赔偿的具体方式和金额需依据实际情况和法律规定来确定。
如有更多关于劳动工伤（工资福利）方面的疑问，可以直接向我咨询。