结论：因机构调整导致职务自然免除，进而降薪是否合法，需根据具体情况判断，若降薪行为缺乏合法依据或程序，则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、职务免除与降薪的合法性基础
职务免除的合法性：
- 机构调整属于用人单位经营自主权的范畴，用人单位有权根据业务需要调整组织架构和人员配置。
- 职务免除若基于合理的机构调整需求，且程序合法（如提前通知、协商等），则通常被认为是合法的。
降薪的合法性：
- 降薪需有明确的法律依据或合同约定。根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位不得随意降低劳动者的工资，除非符合法定情形（如劳动者不能胜任工作，经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，但此情形下也并非直接降薪，而是解除合同或调整岗位后的可能结果）。
- 若职务免除后，用人单位未与劳动者协商一致，单方面降低工资，则可能构成违法降薪。
二、具体情形分析
职务免除后，工资标准未变，但实际发放减少：
- 若职务免除后，劳动合同中约定的工资标准未发生变化，但用人单位以各种理由减少实际发放的工资，这通常是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定的标准支付工资。
职务免除后，工资标准降低，但未经协商一致：
- 若职务免除后，用人单位未经与劳动者协商一致，单方面降低工资标准，这同样是不合法的。劳动者有权拒绝接受降薪，并可以要求用人单位按照原工资标准支付工资。
职务免除后，工资标准降低，且经协商一致：
- 若职务免除后，用人单位与劳动者就工资标准的降低进行了协商，并达成了一致意见，且该协商过程符合法律法规的规定（如双方平等自愿、协商一致等），则这种降薪行为可能是合法的。但需要注意的是，即使协商一致，降薪后的工资也不得低于当地的最低工资标准。
三、法律建议
对于劳动者：
- 若遇到因机构调整导致职务免除并降薪的情况，首先应查看劳动合同中关于工资和职务变动的条款，以及用人单位的相关规章制度。
- 若认为降薪行为不合法，可以与用人单位进行协商，要求恢复原工资标准或给予合理的补偿。
- 若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在进行机构调整和职务免除时，应充分考虑劳动者的权益，避免随意降薪。
- 若确实需要降薪，应与劳动者进行充分协商，并确保协商过程合法合规。
- 降薪后的工资标准不得低于当地的最低工资标准，否则将面临法律风险。
总结：因机构调整导致职务自然免除进而降薪是否合法，需根据具体情况判断。若降薪行为缺乏合法依据或程序，则不合法。劳动者在遇到此类情况时，应积极维护自己的合法权益；用人单位则应谨慎操作，避免违法风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。