挂靠公司收取5000元提档费是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的基础：合同约定与法律规定
合同约定：
- 如果挂靠双方在合同中明确约定了提档费，且该费用是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么收取提档费在合同层面是合法的。
- 但需注意，合同内容不得违反公平原则，如果提档费过高，显失公平，可能面临被法院或仲裁机构调整的风险。
法律规定：
- 目前，我国法律并未直接规定挂靠公司是否可以收取提档费。因此，合法性判断主要依赖于合同约定以及是否违反相关法律法规的禁止性规定。
- 如果挂靠行为本身违法（如挂靠公司不具备相应资质，或挂靠行为违反了行业管理规定），那么基于违法挂靠行为产生的提档费收取也可能被视为非法。
二、提档费的合理性分析
费用合理性：
- 即使合同中约定了提档费，也需要考虑该费用是否合理。如果提档费明显高于市场正常水平，或者没有合理的计算依据，可能被视为不合理的费用。
- 合理性判断可以参考行业惯例、市场价格以及提供服务的实际成本等因素。
服务内容与费用匹配：
- 提档费应当与挂靠公司提供的服务内容相匹配。如果挂靠公司仅提供了简单的档案提取服务，却收取高额费用，可能缺乏合理性。
- 如果挂靠公司提供了额外的服务（如协助办理相关手续、提供法律咨询等），且这些服务与提档费相对应，那么费用可能更为合理。
三、可能面临的法律风险
合同纠纷：
- 如果挂靠双方对提档费的收取产生争议，可能引发合同纠纷。此时，法院或仲裁机构将根据合同约定、法律规定以及公平原则进行裁决。
行政处罚：
- 如果挂靠行为本身违法，或者提档费的收取违反了相关法律法规的禁止性规定，挂靠公司可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 在签订挂靠合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于提档费的约定。确保合同内容合法、合理，且双方权利义务明确。
了解市场行情：
- 在签订合同前，可以了解市场上类似服务的价格水平，以便对提档费的合理性进行初步判断。
咨询专业律师：
- 如果对挂靠合同或提档费的收取存在疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助规避法律风险。
总结来说，挂靠公司收取5000元提档费是否合法，需结合合同约定、法律规定以及费用合理性等因素进行综合判断。如果有具体法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供更详细的法律意见。