结论：挂靠公司要求在提档时缴纳增值税是否合法，需结合具体交易性质、合同约定及税法规定综合判断，不能一概而论。以下分情况说明：

1. 若提档行为涉及增值税应税项目，且挂靠公司为法定纳税义务人
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，增值税的纳税义务人为销售货物、提供劳务或发生应税行为的单位和个人。若提档行为本身属于增值税应税范围（如货物所有权转移、服务提供等），且挂靠公司作为合同相对方或实际经营主体被认定为纳税义务人，则其要求缴纳增值税可能具有合法性。但需注意：

   • 纳税义务的认定需以税务机关的核定为准，挂靠公司不得单方面扩大解释应税范围；
     
   • 若双方合同明确约定税费承担方式（如由实际经营方承担），挂靠公司无权擅自变更约定。

2. 若提档行为不涉及增值税应税项目，或挂靠公司非纳税义务人
   若提档仅是行政手续（如档案调取、资质变更等），或实际交易方为个人而非挂靠公司，则挂靠公司无权要求缴纳增值税。此时可能存在以下风险：

   • 挂靠公司通过虚构交易或转移纳税义务违规获利；
     
   • 实际经营方可能因未履行纳税义务面临税务处罚（若挂靠公司未代缴）。

3. 合同约定与税法冲突时的处理原则
   即使合同约定由某一方承担税费，该约定仅对双方具有约束力，不能对抗税务机关的法定征税权。例如：

   • 若合同约定“税费由乙方承担”，但实际纳税义务人为甲方，则甲方仍需依法申报缴纳，但可依据合同向乙方追偿；
     
   • 若挂靠公司通过“提档费”等名义变相收取增值税，可能涉嫌偷逃税款，需承担行政或刑事责任。

建议行动：

1. 核查提档行为的具体性质（是否涉及货物/服务交易、所有权转移等）；
   
2. 审查挂靠合同中关于税费承担的条款；
   
3. 要求挂靠公司出具税务机关的完税凭证或纳税申报表，确认其是否为法定纳税义务人；
   
4. 若对合法性存疑，可向当地税务机关申请税务认定或咨询专业意见。
   

如有进一步细节（如提档具体内容、合同条款等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。