核心结论：针对您目前的情况，员工以未签劳动合同为由要求两倍赔偿，您并非完全处于被动地位，可先尝试与员工协商解决，若协商不成，再从证据收集、法律抗辩等角度积极应对可能的仲裁或诉讼。以下为详细分析：

协商解决

1. 主动沟通：尽快与员工进行坦诚的沟通，向员工解释未及时签订劳动合同并非出于恶意，而是由于工作疏忽等原因导致。表达您愿意积极解决问题的态度，争取员工的理解和谅解。
2. 提出合理方案：在沟通的基础上，提出一个双方都能接受的解决方案。例如，可以与员工协商签订一份补签的劳动合同，合同期限从实际入职之日起算，并且在合同中明确双方的权利和义务。同时，可以考虑给予员工一定的补偿，如适当的奖金、福利等，以弥补未及时签订劳动合同可能给员工带来的不便。

证据收集与整理

1. 考勤记录：考勤记录是证明员工实际入职时间和工作情况的重要证据。您需要收集完整的考勤记录，包括打卡记录、请假记录等，以证明员工已经实际在公司工作。
2. 入职通知：入职通知可以证明您已经向员工发出了入职邀请，并且员工已经接受了该邀请。入职通知中通常会包含入职时间、岗位、薪资待遇等重要信息，这些信息对于证明劳动关系的存在和具体内容具有重要意义。
3. 其他相关证据：除了考勤记录和入职通知外，您还可以收集其他与员工工作相关的证据，如工作邮件、工作成果、同事证言等。这些证据可以进一步证明员工已经实际在公司工作，并且与公司存在劳动关系。

法律抗辩角度

1. 主张已履行诚实磋商义务：根据《劳动合同法实施条例》第五条规定，自用工之日起一个月内，经用人单位书面通知后，劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的，用人单位应当书面通知劳动者终止劳动关系，无需向劳动者支付经济补偿，但是应当依法向劳动者支付其实际工作时间的劳动报酬。如果您能够证明在用工之日起一个月内已经书面通知员工签订劳动合同，但员工拒绝签订，那么您可以主张已经履行了诚实磋商义务，无需支付两倍工资赔偿。不过，您需要提供书面通知的证据，如邮件、短信、书面函件等。
2. 主张不可抗力或意外情况：如果您能够证明未及时签订劳动合同是由于不可抗力或意外情况导致的，如自然灾害、突发疾病等，那么您可以向仲裁机构或法院说明情况，争取减轻或免除赔偿责任。但这种情况需要您提供充分的证据证明不可抗力或意外情况的存在，并且该情况确实导致了无法及时签订劳动合同。
3. 主张员工存在过错：如果员工在入职过程中存在故意隐瞒重要信息、提供虚假资料等过错行为，导致无法及时签订劳动合同，那么您可以主张员工存在过错，要求员工承担相应的责任。不过，这种情况需要您提供充分的证据证明员工的过错行为，并且该过错行为与未及时签订劳动合同之间存在因果关系。

应对仲裁或诉讼

1. 积极应诉：如果员工向劳动仲裁机构提起仲裁申请，您需要积极应诉，按照仲裁机构的要求提交答辩状和相关证据材料。在答辩状中，您需要针对员工的仲裁请求进行逐一反驳，并提出自己的抗辩理由和证据。
2. 寻求专业帮助：劳动仲裁和诉讼程序具有一定的专业性和复杂性，如果您对相关法律知识和程序不太熟悉，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助您更好地应对仲裁或诉讼。