结论：包月工资下每天工作十二小时是否合法，需结合具体的工作时间安排、加班情况以及是否支付了相应的加班费等因素综合判断。一般情况下，若未支付加班费或未遵循法定工作时间限制，则不合法。以下从不同角度详细分析：

一、法定工作时间与加班规定

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。

分析：在包月工资制度下，若劳动者每天工作十二小时，且未获得相应的加班费，或者虽然获得了加班费但加班时间超出了法定限制，那么这种工作安排是不合法的。因为这违反了劳动法关于工作时间和加班时间的规定。

二、加班费的支付

根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

分析：在包月工资制度下，如果劳动者每天工作十二小时，且这超出的工作时间被认定为加班，那么用人单位应当按照上述标准支付加班费。若未支付，则构成违法。

三、实际案例与司法实践

在实际操作中，法院在审理类似案件时，会综合考虑多种因素，如劳动合同的具体条款、工作时间的实际安排、加班费的支付情况等，来判定用人单位的行为是否合法。如果用人单位能够证明其包月工资制度已经充分考虑了加班因素，并已经按照法定标准支付了加班费，且加班时间未超出法定限制，那么这种制度可能是合法的。然而，在大多数情况下，包月工资制度下每天工作十二小时且未支付加班费或加班时间超标的，往往会被认定为违法。

四、建议与措施

1. 劳动者角度：如果劳动者发现自己处于包月工资制度下每天工作十二小时的情况，首先应当查看自己的劳动合同，了解其中关于工作时间和加班费的约定。如果发现用人单位未按照法定标准支付加班费或加班时间超标，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
2. 用人单位角度：用人单位应当严格遵守劳动法关于工作时间和加班时间的规定，合理安排劳动者的工作时间，并按照法定标准支付加班费。如果确实需要延长工作时间，应当与劳动者协商并取得其同意，同时确保加班时间不超出法定限制。

总结：包月工资下每天工作十二小时是否合法，需根据具体情况判断。若未支付加班费或加班时间超标，则不合法。劳动者和用人单位都应当了解并遵守相关法律法规，以维护自身的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。