结论前置：劳动关系在子公司时，可以由母公司发放工资，但需满足一定条件并处理好相关法律和实务问题，以充分保障劳动者的权益并避免潜在的法律风险。
劳动关系与工资发放主体的法律关系
劳动关系认定：
- 劳动关系是劳动者与用人单位之间基于劳动合同而建立的法律关系。在子公司工作，若劳动合同是与子公司签订的，则劳动关系通常归属于子公司。然而，若劳动合同是与母公司签订，且明确约定劳动者被派至子公司工作，则劳动关系归属于母公司。
- 无论劳动关系归属于谁，工资发放主体并不必然决定劳动关系的归属。工资发放可以是劳动关系履行过程中的一个环节，但并非决定性因素。
工资发放主体的灵活性：
- 法律并未明确禁止母公司代发子公司员工的工资。在实际操作中，由于母子公司之间的财务、管理等方面的关联，母公司代发工资的情况并不罕见。
- 母公司代发工资需确保操作规范、合法合规，并处理好相关税务、社保及财务问题。
母公司代发工资需注意的事项及潜在风险
明确书面约定：
- 若劳动合同是与子公司签订，但工资由母公司发放，建议母公司与子公司、劳动者三方签订书面协议，明确工资发放的主体、标准、周期等事项，以避免纠纷。
- 协议中应明确约定，若因工资发放问题引发劳动争议，责任如何承担，以及劳动者的维权途径等。
责任界定清晰：
- 母公司作为工资发放主体，需确保工资按时足额发放，并承担因工资发放问题可能引发的法律责任。
- 若子公司是劳动关系的实际归属方，母公司代发工资后，可与子公司进行内部结算，明确各自的责任和义务。
财务税务合规：
- 母公司代发工资时，需遵循相关财务制度和税法规定，如准确计算并代扣个人所得税，按时申报缴纳。
- 确保母子公司间的资金往来符合独立交易原则，避免税务风险。例如，母公司代发工资应视为对子公司的借款或往来款，需在财务上妥善处理。
保护劳动者权益：
- 在母公司代发工资的情况下，应特别注意保护劳动者的知情权、维权途径等。劳动者有权了解工资发放的主体、标准、周期等信息，并在发生纠纷时能够清晰证明自己的工作情况和与用人单位的关系。
- 发生劳动争议时，劳动者可能将母公司和子公司列为共同被申请人或被告，要求承担连带责任。因此，母公司和子公司应共同确保劳动者权益不受损害。
实际操作建议
签订委托代发协议：
- 母公司与子公司应签订书面的委托代发工资协议，明确双方的权利义务，包括代发工资的范围、标准、方式、时间，以及因代发工资产生问题的责任承担等内容。
加强沟通与记录：
- 加强子公司人力资源部门与母公司财务部门的沟通，确保子公司及时、准确地向母公司提供工资发放明细，包括员工姓名、工资数额、扣除项目等信息。
- 双方应保存好相关记录和凭证，以备后续查询和审计。
明确告知员工：
- 应明确告知员工工资是由母公司代发，以避免员工产生误解。同时，向员工解释清楚工资发放的主体、标准、周期等事项，确保员工的知情权得到保障。
总结：劳动关系在子公司时，可以由母公司发放工资，但需满足一定条件并处理好相关法律和实务问题。通过明确的书面约定、清晰的责任界定、严格的财务税务合规管理以及充分的劳动者权益保护措施，可以有效降低法律风险，确保各方权益得到妥善维护。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。