结论前置：员工迟到早退没来上班，但公司多发了工资，公司是有权通过合法途径要求员工退回多发的工资的，其中一种合法途径便是申请劳动仲裁。

详细分析：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工应当按照劳动合同的约定，按时、按质、按量完成工作任务，并遵守公司的规章制度。员工迟到早退，显然违反了这一基本义务。
   • 同时，公司有义务按照劳动合同的约定，按时足额支付员工工资。但如果因为公司内部管理疏忽或系统错误等原因，导致员工工资多发，公司有权要求员工退回多发的部分。

2. 劳动仲裁的适用性：

   • 当公司与员工之间就工资发放问题产生争议时，双方可以首先尝试通过协商解决。如果协商无果，公司可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
   • 在劳动仲裁过程中，公司需要提供充分的证据证明员工确实存在迟到早退的行为，以及公司确实多发了工资。这些证据可以包括考勤记录、工资单、银行转账记录等。
   • 如果劳动仲裁机构认定公司的请求合理，将会裁决员工退回多发的工资。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：公司在申请劳动仲裁前，应确保收集到足够的证据来支持其主张。这包括但不限于考勤记录、工资单、银行转账记录、员工迟到早退的监控录像或证人证言等。
   • 内部沟通：在申请劳动仲裁之前，公司也可以尝试与员工进行内部沟通，解释情况并要求员工主动退回多发的工资。这种方式可能更加高效且成本更低。
   • 遵循法律程序：如果内部沟通无果，公司应按照法律程序向劳动仲裁机构提交申请，并遵循仲裁机构的指导和要求。

4. 可能的法律后果：

   • 如果员工拒绝退回多发的工资，并且劳动仲裁机构裁决员工应退回，但员工仍不执行，公司可以向法院申请强制执行。
   • 同时，员工的行为也可能构成对公司财产的侵占，公司有权根据相关法律法规追究员工的法律责任。

额外提醒：作为公司，在处理此类问题时，应确保所有操作都符合法律法规的要求，避免因为处理不当而引发更大的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我在劳动工伤（工资福利）领域有丰富的经验，可以为你提供专业的帮助。