结论：在一般情况下，被执行人已履行义务且申请执行人知道的情况下，申请强制执行后执行费仍由被执行人承担；若双方达成和解协议且明确约定执行费由申请执行人承担的，则按照协议约定执行。

分析说明：

1. 一般情况下的执行费承担原则：

   • 根据《诉讼费用交纳办法》第三十八条的规定，申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书等产生的执行费用，原则上由被执行人承担。这是因为被执行人未履行生效法律文书确定的义务，导致申请执行人需要向法院申请强制执行，因此产生的执行费用应由被执行人承担。
   • 在本案例中，尽管被执行人已经履行了义务，但这是在申请执行人申请强制执行之后发生的。在申请执行时，被执行人尚未履行义务，因此执行费用的承担原则仍然适用，即由被执行人承担。

2. 特殊情况下的执行费承担：

   • 如果申请执行人在执行过程中与被执行人达成和解协议，且协议中明确约定执行费用由申请执行人承担的，则按照协议约定执行。这种情况较为少见，通常需要双方自愿协商并达成一致意见。
   • 在本案例中，若双方已经达成和解协议，并且明确约定了执行费用的承担方式，那么就应当按照协议约定来执行。但需要注意的是，这种约定应当是双方真实意思的表示，且不得违反法律法规的强制性规定。

执行费的计算标准与缴纳流程（虽非直接回答用户问题，但为全面理解执行费相关问题提供补充）：

• 执行费的计算标准：执行费用的计算标准根据执行标的额的不同而有所差异，具体规定如下：

  • 没有执行金额或价额的，每件交纳50元至500元。
  • 执行金额或价额不超过1万元的，每件交纳50元。
  • 超过1万元至50万元的部分，按照1.5%交纳。
  • 超过50万元至500万元的部分，按照1%交纳。
  • 超过500万元至1000万元的部分，按照0.5%交纳。
  • 超过1000万元的部分，按照0.1%交纳。

• 执行费的缴纳流程：

  • 申请执行人向法院提交强制执行申请书及相关证据材料。
  • 法院对申请材料进行审查，符合立案条件的予以受理。
  • 法院在受理后，会向被执行人发出执行通知书，并告知其应缴纳的执行费用。
  • 被执行人在收到执行通知书后，应按照通知要求将执行费用缴纳至法院指定账户。
  • 法院在确认执行费用已缴纳后，开始实施强制执行措施。

建议与提醒：

• 在申请强制执行前，申请执行人可以与被执行人进行沟通协商，尽量通过和解的方式解决纠纷，以减少执行费用的产生。
• 若双方达成和解协议并明确约定了执行费用的承担方式，建议将协议内容以书面形式固定下来，并由双方签字或盖章确认，以避免后续产生争议。
• 在执行过程中，若遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。