结论：在立案后发现被执行人已履行义务的情况下，执行费原则上应由被执行人负担，但具体情形可能因案件实际情况和法院裁定而有所不同。
详细分析：
一般原则：
- 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，执行费通常是由被执行人承担的。这是因为执行费是因被执行人未履行生效法律文书确定的义务而产生的费用，理应由被执行人负担。
特殊情况：
- 如果在执行过程中，被执行人已经履行了全部或部分义务，且法院已经裁定终结执行或部分执行，那么对于已经履行的部分，相应的执行费可能不再收取或根据实际情况进行调整。
- 另外，如果双方当事人在执行前或执行过程中达成了和解协议，并且和解协议中明确约定了执行费的负担方式，那么法院通常会根据和解协议的约定来确定执行费的负担。
法院裁定：
- 在某些情况下，法院可能会根据案件的具体情况和公平原则，对执行费的负担作出特别裁定。例如，如果被执行人确实无力承担全部执行费，而申请执行人又有一定的经济能力，法院可能会裁定双方分担执行费。
法律建议：
- 如果您作为申请执行人，在立案后发现被执行人已履行义务，您可以及时与法院沟通，提供相关证据，要求法院对执行费的负担进行裁定或调整。
- 如果您作为被执行人，认为执行费的负担不合理或存在争议，您也可以向法院提出异议，并提供相关证据支持您的观点。
可能后果：
- 如果法院裁定执行费由被执行人负担，而被执行人拒不缴纳，法院可能会采取强制执行措施，如查封、扣押、拍卖被执行人的财产等。
- 如果双方对执行费的负担存在争议，且无法通过协商解决，那么可能需要通过诉讼或其他法律程序来解决争议。
进一步思考：
- 在处理此类案件时，建议双方当事人保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。
- 如果您对执行费的负担有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。