在案件生效后，若款项已经付给对方，但对方又申请强制执行，强制执行的费用原则上由被执行人（即原应付款方，若其未完全履行义务）承担。但具体费用的承担还需根据实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、强制执行费用的一般原则
根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，执行申请费通常由被执行人负担。这是基于这样一个原则：即被执行人未按照生效法律文书确定的义务履行，导致申请执行人需要申请强制执行，因此产生的费用应由被执行人承担。
二、特殊情况下的费用承担
执行中达成和解协议：
- 如果在执行过程中，双方当事人达成了和解协议，并且和解协议已经履行完毕，那么申请执行人申请撤回执行申请的，执行费用可能会根据和解协议的内容来确定承担方。
- 如果和解协议未履行完毕，或者申请执行人因被执行人未履行和解协议而再次申请执行的，执行费用通常仍由被执行人承担。
被执行人部分履行：
- 如果被执行人只履行了部分义务，那么对于未履行的部分，申请执行人申请强制执行的，执行费用仍由被执行人承担。
- 对于已经履行的部分，如果因此产生了额外的执行费用（如评估费、拍卖费等），且这些费用是由于被执行人的部分履行行为导致的，那么这些费用也可能由被执行人承担。但具体需根据案件情况和法院判断来确定。
申请执行人错误申请：
- 如果申请执行人错误地申请了强制执行，例如申请执行的标的额超过了实际应执行的标的额，或者申请执行的对象错误等，那么因此产生的额外执行费用可能会由申请执行人承担。
三、实际操作中的注意事项
保留付款证据：
- 作为原应付款方，如果已经履行了付款义务，务必保留好相关的付款证据，如转账记录、收据等。这些证据在对方申请强制执行时，可以作为证明自己已经履行义务的依据。
及时提出异议：
- 如果认为对方申请强制执行的行为不当，或者认为执行费用不应由自己承担，可以在收到执行通知书后及时向法院提出异议。法院会依法对异议进行审查，并作出相应的裁定。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
总结来说，强制执行费用的承担原则上由被执行人负责，但具体还需根据案件情况和法院判断来确定。如果你已经履行了付款义务，但对方仍申请强制执行，建议保留好付款证据，并及时向法院提出异议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。