在我国，履行完毕后再申请强制执行的情况下，申请费最终由被执行人承担，但通常需由申请执行人先行预交。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，当事人依法向人民法院申请强制执行时，应当交纳申请费。具体而言，《诉讼费用交纳办法》第十条明确规定了申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书等法律文书需交纳申请费，而第三十八条则进一步明确，强制执行的申请费由被执行人负担。这体现了“申请执行人先垫付，最后由被执行人承担”的原则。
二、具体操作流程
申请阶段：
- 在申请人向法院提交强制执行申请时，通常需要预先缴纳申请执行费。这是启动执行程序的一个必要条件，也是确保执行工作顺利进行的重要保障。
执行阶段：
- 法院在执行过程中，会按照生效法律文书确定的内容进行执行，并在此过程中直接将被执行人应当负担的申请费纳入执行范围。这意味着，虽然申请执行人在申请时需要预交申请费，但该费用最终将由被执行人承担。
履行完毕后的处理：
- 如果在执行过程中，被执行人已经履行完毕生效法律文书确定的义务，那么申请执行人预交的申请费将在执行完毕后由被执行人承担。法院会从执行款项中扣除申请费以及实际执行支出费用后，将剩余款项交付给申请执行人。
三、特殊情况处理
和解协议：
- 如果执行过程中双方当事人达成了和解协议，并且被执行人已经按照和解协议履行完毕，那么申请费的负担可以由双方当事人协商解决。如果协商达成一致，则按照协议执行；如果协商不成，则由人民法院根据实际情况作出决定。
无财产可供执行：
- 若执行中发现被执行人确实无财产可供执行等特殊情况，费用承担则依具体情况依法处理。例如，法院可能会裁定终结本次执行程序，并告知申请执行人待发现被执行人有财产可供执行时再申请恢复执行。在这种情况下，申请执行人预交的申请费可能会根据实际情况进行退还或处理。
四、法律建议
预交申请费：
- 申请执行人在向法院提交强制执行申请时，应按照规定预交申请执行费。这是启动执行程序的必要条件。
关注执行进展：
- 申请执行人应密切关注执行进展，确保被执行人按照生效法律文书确定的义务履行完毕。如果发现被执行人有财产可供执行但未履行义务，应及时向法院申请恢复执行。
协商与诉讼：
- 如果执行过程中双方当事人达成了和解协议，申请执行人应与被执行人就申请费的负担进行协商。如果协商不成，可以向人民法院申请决定。
作为李肖峰律师，我建议申请执行人在遇到相关问题时，及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有行政纠纷、刑事辩护、房屋拆迁、土地纠纷、行政诉讼等方面的法律问题，也可以直接向我提问。