结论前置：在被告已经履行完毕，原告仍申请执行的情况下，执行费用一般应由申请执行人（即原告）承担。但如果执行申请是基于法院的生效判决或裁定，且被告的履行是在执行程序启动之后，那么执行费用可能会由被执行人（即被告）承担，或者根据具体情况由法院决定费用的分担。
分析说明：
一般情况：
- 如果被告在原告申请执行前已经主动履行了义务，那么原告此时再申请执行就显得没有必要。此时，如果原告仍然坚持申请执行，由此产生的执行费用理应由原告自行承担，因为这是由于原告自身行为导致的额外费用。
特殊情况：
- 如果被告的履行是在执行程序启动之后，即法院已经受理了原告的执行申请，并开始执行程序，那么情况就有所不同。在这种情况下，即使被告最终履行了义务，执行费用也可能需要根据具体情况来决定分担方式。
- 如果法院的判决或裁定明确规定了执行费用的承担方，那么应按照判决或裁定的规定来执行。如果没有明确规定，法院可能会根据案件的具体情况，如双方当事人的过错程度、履行情况等因素，来决定执行费用的分担。
法律依据：
- 根据《诉讼费用交纳办法》等相关法律规定，执行费用通常由申请执行人预交，但最终费用的承担需要根据案件的具体情况来决定。
- 在实践中，法院会根据案件的具体情况，如执行依据、履行情况、当事人的过错等，来综合判断执行费用的承担方。
建议：
- 在面对此类情况时，建议双方当事人首先通过协商来解决问题，明确执行费用的承担方式，避免不必要的纠纷。
- 如果协商不成，可以寻求法院的帮助，由法院根据案件的具体情况来做出公正的判断。
总之，在被告已经履行完毕，原告仍申请执行的情况下，执行费用的承担需要根据案件的具体情况来决定。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。