核心结论：针对当天离职员工导致公司不能正常运行的情况，公司可采取以下措施应对，具体需结合员工离职原因、岗位重要性及公司制度等因素综合判断处理方式。以下分情况说明：

1. 若员工违反法定或约定程序擅自离职

根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日（试用期三日）书面通知用人单位方可解除合同。若员工未履行通知义务即离职，属于违法解除劳动合同，公司可采取以下措施：

• 要求员工赔偿损失：依据《劳动合同法》第九十条，若员工擅自离职导致公司直接经济损失（如项目停滞、客户流失等），公司可要求其承担赔偿责任。需注意：
  • 需举证损失与员工离职行为存在直接因果关系；
  • 赔偿范围以实际损失为限，不得超出员工月工资的20%（若约定违约金需符合法定情形）。
• 追究拒不返岗责任：若员工经催告仍不返岗，公司可依据规章制度（如《员工手册》）对其按旷工处理，达到严重违纪标准的可解除合同且无需支付补偿。

2. 若员工因公司违法行为被迫离职

若公司存在未及时支付劳动报酬、未依法缴纳社保等违法行为，员工可依据《劳动合同法》第三十八条立即解除合同且无需提前通知。此时：

• 公司无权要求赔偿：因员工离职行为合法，公司需承担自身违法行为导致的后果（如补发工资、补缴社保等）；
• 需支付经济补偿：员工有权要求公司按工作年限支付经济补偿（每满一年支付一个月工资）。

3. 针对关键岗位员工离职的应急措施

无论员工离职是否合法，公司均可采取以下措施降低运营风险：

• 启动应急预案：如安排其他员工接替工作、调整业务流程、启用备用供应商等；
• 固定证据：保存员工离职通知、工作交接记录、损失证明等材料，以备后续维权；
• 完善制度：修订《劳动合同》《员工手册》，明确离职流程、交接要求及违约责任，减少类似风险。

4. 争议解决途径

若双方就责任承担产生争议，可通过以下方式解决：

• 协商：直接与员工沟通赔偿方案；
• 调解：申请工会、劳动争议调解组织介入；
• 仲裁/诉讼：向劳动仲裁委员会申请仲裁，对结果不服的可向法院起诉。

建议：公司应优先通过协商或调解化解矛盾，若损失较大或员工拒不配合，可委托律师介入处理。具体操作需结合案件细节制定策略，如有疑问可直接向我咨询。