经济补偿分三次发放是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿的支付方式、时间等，原则上由用人单位与劳动者协商确定。若双方在劳动合同解除或终止时，就经济补偿分三次发放达成一致意见，并签订书面协议，明确每次支付的金额、时间等，则该支付方式合法有效。
用人单位因特殊原因需分期支付：
- 在某些特殊情况下，如用人单位因资金周转困难等合理原因，无法一次性支付经济补偿，且能与劳动者协商一致分期支付的，也可视为合法。但此时用人单位需承担举证责任，证明其确实存在资金周转困难等合理原因，且分期支付方案合理可行。
二、不合法情形
未与劳动者协商一致：
- 若用人单位未经劳动者同意，单方面决定经济补偿分三次发放，则该行为可能构成违法。因为经济补偿的支付方式、时间等属于劳动合同的重要内容，需由双方协商确定，用人单位无权单方面变更。
分期支付方案不合理：
- 即使双方协商一致分期支付经济补偿，但若分期支付方案明显不合理，如支付周期过长、每次支付金额过少等，可能损害劳动者的合法权益。在此情况下，劳动者有权要求用人单位一次性支付经济补偿。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解经济补偿的支付方式、时间等约定。
- 若用人单位提出经济补偿分三次发放的要求，应要求用人单位提供合理的解释和证明，并协商确定合理的分期支付方案。
- 若认为用人单位的分期支付方案不合理或存在违法行为，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定经济补偿支付方案时，应充分考虑劳动者的合法权益和合理诉求，确保支付方案合法合理。
- 若因特殊原因需分期支付经济补偿，应与劳动者协商一致，并签订书面协议明确双方的权利义务。
- 遵守相关法律法规和政策规定，确保经济补偿的支付符合法律要求。
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