结论：故意杀人后自动投案并如实供述犯罪事实，但否认主观故意的情况下，能否认定自首需结合具体证据判断。若否认主观故意与事实不符且缺乏合理依据，则可能因未“如实供述”而不构成自首；若证据支持其主观故意确实存在争议，则可能仍认定自首。以下从法律要件、司法实践、例外情形三个角度展开分析：
一、自首的法定构成要件
根据《刑法》第六十七条，自首需同时满足两个核心条件：
- 自动投案：犯罪后未被司法机关发觉或虽被发觉但未受讯问、未被采取强制措施时，主动向司法机关投案。
- 如实供述罪行：需如实交代主要犯罪事实，包括行为、结果及主观故意等关键要素。若隐瞒、歪曲或否认核心事实，则不符合“如实供述”要求。
关键点：主观故意是故意杀人罪的构成要件之一。若犯罪嫌疑人否认主观故意，需审查其供述是否与客观证据（如作案工具、行为方式、现场痕迹等）矛盾。若证据充分证明其存在杀人故意，而其否认缺乏合理依据，则可能被认定为未如实供述，不构成自首。
二、司法实践中的认定标准
司法机关在认定自首时，会综合全案证据判断犯罪嫌疑人是否“如实供述”：
- 供述与证据一致性：若犯罪嫌疑人否认主观故意，但客观证据（如预谋行为、致命性攻击方式等）表明其具有杀人故意，则其否认可能被视为未如实供述。
- 供述的稳定性：若犯罪嫌疑人投案时否认故意，但后续在司法机关掌握证据前主动承认，仍可能被认定为自首；若始终否认且无合理依据，则不构成自首。
案例参考：
- 案例1：甲因纠纷持刀捅刺乙要害部位致其死亡，投案后称“只是想吓唬乙，不慎刺中”。若证据显示甲事先准备凶器、选择致命部位攻击，则其否认故意与事实不符，不构成自首。
- 案例2：丙因过失致人重伤后误以为对方死亡，投案时称“以为人死了”。若证据证明丙确实无杀人故意（如行为方式、现场环境等），则其供述与事实一致，可能构成自首（但罪名可能变为过失致人死亡罪）。
三、例外情形与特殊考量
- 主观故意确实存在争议：若证据无法明确证明犯罪嫌疑人具有杀人故意（如行为方式介于故意与过失之间），且其否认主观故意有合理依据（如认知错误、情绪激动等），则可能仍认定自首。此时，法院会结合全案情节（如犯罪手段、后果、被害人过错等）综合量刑。
- “形迹可疑型自首”：若犯罪嫌疑人因形迹可疑被盘问时主动交代罪行，即使否认部分细节（如主观故意），但主要事实清楚，仍可能构成自首。
四、法律后果与建议
- 若构成自首：根据《刑法》第六十七条，可从轻或减轻处罚。但故意杀人罪性质严重，即使自首，也可能面临严厉刑罚（如死刑缓期执行或无期徒刑）。
- 若不构成自首：仍需承担故意杀人罪的刑事责任，但如实供述罪行可从轻处罚（《刑法》第六十七条第三款）。
建议：
- 犯罪嫌疑人投案后应如实供述全部犯罪事实，包括主观故意，避免因否认核心事实而丧失自首机会。
- 辩护律师应全面审查证据，评估否认主观故意的合理性，争取自首认定或从轻处罚。
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