针对土地手续不合法的农贸市场，处理方式需结合具体违法情形、法律后果及整改可能性综合判断，以下是分情况说明：

1. 若土地手续违法情形较轻（如未及时补办审批、程序瑕疵）

   • 核心结论：可优先通过补办手续、完善程序使农贸市场合法化。
     
   • 具体操作：
     
     • 向自然资源部门（原国土部门）申请补办土地使用审批手续（如集体建设用地使用权证、国有土地出让合同等）；
       
     • 若涉及规划违法（如未取得建设工程规划许可证），需同步向规划部门申请补办或调整规划；
       
     • 补办期间可申请“临时使用土地”许可，避免市场被强制关停。
       
   • 法律依据：
     
     • 《土地管理法》第5十三条、第五十七条（临时用地审批）；
       
     • 《城乡规划法》第六十四条（未取得规划许可的建设处理）。

2. 若土地违法情形严重（如非法占用农用地、永久基本农田）

   • 核心结论：市场可能面临拆除、罚款，甚至刑事责任，需立即停止违法行为并整改。
     
   • 具体操作：
     
     • 拆除风险：若占用农用地（尤其是永久基本农田）建设市场，根据《土地管理法》第七十七条，可能被责令限期拆除、恢复土地原状；
       
     • 罚款处罚：非法占用土地的，按占用面积处每平方米100元以上1000元以下罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）；
       
     • 刑事责任：若占用农用地数量较大（如基本农田5亩以上、其他农用地10亩以上），可能构成非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）。
       
   • 补救措施：
     
     • 立即停止建设或使用，主动退还土地；
       
     • 若已投入使用，可尝试与政府部门协商“以补办手续替代拆除”（如调整土地用途、补缴土地出让金），但需以地方政府同意为前提。

3. 若市场已运营多年且涉及民生需求

   • 核心结论：政府可能采取“疏堵结合”方式处理，优先保障民生，但需限期整改。
     
   • 具体操作：
     
     • 向政府提交《农贸市场合法化申请书》，说明市场对周边居民的必要性（如解决就业、保障菜篮子供应）；
       
     • 承诺限期补办手续或搬迁至合法用地；
       
     • 参考地方政策：部分地区对历史遗留的农贸市场出台了“边经营边整改”的过渡性政策（如《XX省关于规范农贸市场管理的指导意见》）。
       
   • 风险提示：若市场存在安全隐患（如消防不达标、建筑质量差），即使土地手续问题可协商，也可能因其他违法情形被关停。

行动建议：

1. 立即委托律师或土地规划机构核查土地性质（如是否为农用地、基本农田）、审批文件缺失环节；
   
2. 根据违法情形轻重，制定“补办手续”或“搬迁整改”方案；
   
3. 与当地自然资源、规划、市场监管部门沟通，争取政策支持。
   

若需进一步分析具体案例或地方政策，可直接向我提供更多细节（如土地性质、市场规模、所在地区等），我将结合法律条文和实务经验为您定制解决方案。