首先，需要明确的是，工厂土地不合法是一个相对宽泛的描述，它可能涉及多种具体的法律问题，如土地使用权不合法、土地用途不符合规划、未经批准擅自建设等。针对这些情况，处理方式也会有所不同。以下是从几个常见角度出发的分析和建议：

1. 土地使用权不合法：

   • 结论：若工厂所使用的土地没有合法的使用权，如未取得土地使用证或土地使用权已过期，那么工厂需要尽快与土地所有权人或相关政府部门协商，办理合法的土地使用手续。
   • 建议：在协商和办理过程中，建议工厂咨询专业的法律顾问或律师，以确保所有法律文件的合规性和有效性。同时，工厂应暂停在非法土地上的所有建设和生产活动，以避免进一步的法律风险。

2. 土地用途不符合规划：

   • 结论：如果工厂所使用的土地用途与当地政府规划不符，如工业用地被用作商业或住宅用途，那么工厂需要调整其用地规划或寻找其他符合规划的土地。
   • 建议：工厂应首先了解当地政府的土地规划和政策，然后根据规划要求调整其用地计划。如果需要改变土地用途，应依法向相关部门申请并获得批准。

3. 未经批准擅自建设：

   • 结论：如果工厂在未经批准的情况下擅自建设，那么工厂需要立即停止建设，并尽快向相关部门申请补办建设手续。
   • 建议：在补办建设手续的过程中，工厂应积极配合政府部门的调查和处理，同时咨询专业的法律顾问或律师，以了解可能面临的法律后果和应对措施。

综上所述，工厂土地不合法是一个复杂的法律问题，需要根据具体情况采取不同的处理方式。在任何情况下，工厂都应遵守相关法律法规，确保土地使用的合法性和合规性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。