对于不合法使用土地的处理，首先需要明确的是，不合法使用土地包括多种情况，如非法占地、土地流转不规范、破坏耕地等，每种情况的处理方式可能有所不同。以下是对这些不同情况处理方式的详细解答：

一、非法占地

非法占地是指未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅或其他设施的行为。对于这种情况，县级以上人民政府自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地。如果违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地，将限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。如果符合土地利用总体规划，将没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可能并处罚款。

二、土地流转不规范

土地流转不规范可能涉及未遵循法定程序、违背农民意愿等问题。对于这类情况，首先可以尝试通过协商解决。如果协商不成，可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。调解仍然不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院起诉，以维护自身合法权益。

三、破坏耕地

对于破坏耕地种植条件或造成土地荒漠化、盐渍化的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等将按照职责责令限期改正或者治理，并可能并处罚款。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

在处理不合法使用土地的问题时，建议遵循以下步骤：

1. 了解具体情况：首先明确不合法使用土地的具体类型和情况，以便选择正确的处理方式。
2. 咨询专业人士：如果不确定如何处理，可以咨询当地的自然资源、农业农村等部门或寻求法律援助，以获取专业的建议和帮助。
3. 收集证据：在处理过程中，注意收集和保存相关证据，如土地承包合同、土地使用证、证人证言等，以便在需要时维护自己的权益。
4. 依法处理：根据具体情况选择适当的处理方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，并依法进行处理。

总之，对于不合法使用土地的问题，需要明确具体情况并依法进行处理。在处理过程中，建议咨询专业人士并收集相关证据，以维护自身合法权益。