结论：工厂员工离职前三天以12块钱一小时当做培训费来计算工资，这种做法不合理且可能违法。以下从多个角度进行分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定的标准，以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这意味着，工资的计算和支付应当遵循公平、合理、合法的原则，不能随意变更或扣除。
二、培训费与工资的区别
培训费是用人单位为提升员工技能或知识水平而提供的培训所产生的费用，通常由用人单位承担。而工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，两者性质完全不同。因此，将离职前三天的工作时间以培训费的名义来计算工资，显然混淆了培训费和工资的概念，是不合理的。
三、可能存在的违法行为
克扣工资：如果工厂以培训费为名，实际上是在克扣员工离职前三天应得的工资，那么这种行为就违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，员工有权要求工厂补发被克扣的工资。
未足额支付劳动报酬：即使工厂确实为员工提供了培训，但将培训费用与工资混为一谈，导致员工实际得到的劳动报酬低于劳动合同约定的标准，这也构成了未足额支付劳动报酬的违法行为。
四、员工的权益保护
面对这种情况，员工可以采取以下措施来保护自己的权益：
与工厂协商：首先，员工可以尝试与工厂进行协商，要求工厂按照劳动合同约定的标准支付离职前三天的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的诉求，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
建议：作为劳动者，在面对类似情况时，应当保持冷静，了解自己的权益和法律途径，积极采取措施来保护自己的合法权益。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。