在团伙作案中，如果主犯不认罪而从犯认罪，司法机关会依据法定程序，全面且客观地处理整个案件，确保法律的正确实施和案件的公正裁决。以下是对这一问题的详细分析：
侦查阶段
全面深入侦查：公安机关不会因为主犯不认罪就停止侦查工作。他们会继续全面、深入地搜集与案件相关的各类证据，这些证据包括但不限于物证、书证、证人证言、视听资料以及电子数据等。例如，通过勘查现场、调取监控录像、走访相关证人等手段，来构建一个完整的证据体系。
审查同案犯供述：公安机关会细致审查和比对其他同案犯，包括认罪的从犯的供述，判断其真实性和关联性。如果从犯的供述能够与其他证据相互印证，形成一条完整的证据链条，那么即使主犯不认罪，这条证据链也可以作为定案的重要依据。当然，在审查过程中，公安机关也会谨慎对待同案犯的供述，防止出现串供、诬陷等情况。
审查起诉阶段
严格证据审查：检察机关会对公安机关移送的证据材料进行严格的审查，确保这些证据确实、充分，能够证明犯罪事实。如果检察机关发现证据存在疑问或瑕疵，他们会要求公安机关进行补充侦查或重新取证。
讯问与教育：检察机关会亲自讯问不认罪的主犯，听取其辩解，并通过法律教育帮助其理解案件的性质和后果，引导其正确面对法律责任。如果主犯的辩解合理，检察机关会将其作为案件处理的重要参考。
综合决定起诉：在综合考虑全案证据和事实的基础上，检察机关会决定是否提起公诉。如果证据足以证明犯罪事实，即使主犯不认罪，检察机关也会依法提起公诉。
审判阶段
法庭调查与质证：在法庭审理过程中，公诉人会出示证据，被告人（包括主犯和从犯）及其辩护人则有权进行质证。不认罪的主犯可以对证据的合法性、真实性和关联性提出质疑和反驳，以确保证据的公正性。
充分听取意见：法庭会充分听取各方意见和辩论，包括公诉人、被告人及其辩护人、被害人及其诉讼代理人等。不认罪的主犯可以在法庭上进行自我辩护，阐述自己无罪或罪轻的理由。
依法裁判：法官会根据庭审中查明的事实和证据，依照法律规定作出判决。如果证据确实、充分，能够排除合理怀疑地证明主犯有罪，即使其不认罪，法院也会依法作出有罪判决；反之，如果证据不足或存在合理怀疑，法院则会作出无罪判决。
特别强调
法律教育与沟通：对于因误解案情或无知法律而不认罪的团伙成员，律师和司法机关应积极开展法律教育和沟通工作，帮助他们认识错误，正确面对法律责任。
保障合法权益：在处理团伙作案时，司法机关需要特别注重证据的收集和审查工作，确保案件的公正性和准确性。同时，他们也要充分保障犯罪嫌疑人的合法权益，如辩护权、申诉权等。
综上所述，团伙作案中个别成员不认罪并不影响司法机关对整个案件的处理。司法机关将依法进行调查、审查、起诉和审判工作，确保案件的公正、准确和合法。因此，即使主犯不认罪，只要证据确实、充分，司法机关仍然可以依法对其作出有罪判决。