当遇到主犯不认罪的情况时，司法机关会依据法律规定和证据情况，采取一系列严谨且公正的措施来确保案件的顺利审理。以下是对此问题的详细解答：
一、司法机关的处理方式
全面审查证据：
- 司法机关会对案件进行详尽的审查，涵盖物证、书证、证人证言、电子数据等各类证据。
- 只要证据确凿充分，能够形成完整的证据链，即便主犯不认罪，也不影响对其的定罪量刑。
合理运用法律推定：
- 在直接证据不足时，若间接证据能相互印证且排除合理怀疑，司法机关可运用法律推定来认定犯罪事实。
- 法律推定是基于已知事实和日常生活经验法则对未知事实的推断，具有法律效力。
加强审讯与调查：
- 司法机关会加大对主犯的审讯力度，通过合法手段获取其口供。
- 同时，继续深入调查，挖掘更多与案件相关的线索和证据。
保障被告人权利：
- 在整个诉讼过程中，司法机关会严格遵循法定程序，保障被告人的合法权益，如知情权、辩护权等。
- 被告人有权聘请律师为其辩护，提出无罪或罪轻的辩解意见。
二、主犯可能面临的法律后果
定罪量刑：
- 若法院认为证据确实、充分，足以认定主犯构成犯罪，将依法对其进行定罪量刑。
- 具体刑罚将依据犯罪性质、情节以及法律规定来确定。
从重处罚情节：
- 若主犯在共同犯罪中起主要作用，或存在其他从重处罚情节（如多次犯罪、造成严重后果等），法院可能会对其从重处罚。
上诉与申诉权利：
- 主犯对一审判决不服时，可在法定期限内提出上诉。
- 对已发生法律效力的判决、裁定，也可向人民法院或人民检察院提出申诉。
三、从犯认罪对案件的影响及从犯的判决
从犯认罪的积极影响：
- 从犯自愿认罪且罪行有证据支持时，法院在量刑时会充分考虑这一积极情节。
- 认罪通常被视为从犯悔罪的表现，可能对其刑罚产生积极影响，如从轻、减轻处罚。
从犯的判决依据：
- 从犯的判决将依据其在犯罪中所起的作用、认罪态度以及相关法律规定来综合判定。
四、对家属和辩护人的建议
积极配合调查：
- 家属应积极配合司法机关的调查工作，提供与案件相关的线索和证据。
- 辩护人应认真履行辩护职责，为被告人提供专业的法律帮助。
关注案件进展：
- 家属和辩护人应密切关注案件的进展情况，及时了解法院的审理结果和被告人的权益保障情况。
尊重法律程序：
- 在整个诉讼过程中，家属和辩护人应尊重法律程序，不得干扰司法机关的正常办案秩序。
综上所述，当主犯不认罪时，司法机关会依据法律规定和证据情况采取一系列措施来确保案件的公正审理。同时，从犯的认罪态度也会对案件产生一定影响。建议当事人及其家属尊重法律程序，积极配合司法工作，并寻求专业律师的帮助以维护自身合法权益。