当同案犯中有一个人不认罪时，这确实会对案件的审理和判决产生一定影响，但并不会阻碍整个司法程序的进行。以下是对这一情况的详细解答：
一、司法机关的处理方式
依据在案证据确定案件事实：
- 司法机关会首先依据已有的证据来还原案件事实。这些证据包括但不限于物证、书证、证人证言以及已认罪同案犯的供述。
对待不认罪同案犯的态度：
- 如果不认罪的同案犯的行为有其他确凿证据（如物证、书证等）来证明，那么即便其不认罪，也可以依法认定其犯罪行为。
- 如果仅依靠其他同案犯的供述，而没有其他确凿证据，这可能会影响对不认罪同案犯的定罪量刑。在这种情况下，司法机关会继续深入调查取证，以确保案件事实的准确认定。
综合全案证据公正处理：
- 司法机关会综合考虑全案的所有证据，以公正、合法的方式处理案件。不会因为某一个人的不认罪就轻易改变对案件的定性和量刑。
二、同案犯不认罪的法律后果
对案件判决的影响：
- 同案犯不认罪并不会直接影响案件的判决。只要全案证据达到确实、充分的标准，法院依然可以依法定罪量刑。
对量刑的影响：
- 对于认罪的被告人，法院在量刑时通常会考虑其悔罪态度，从而可能给予从轻处罚。
- 对于不认罪的同案犯，如果证据确凿，法院会依法定罪量刑，但不会因为其不认罪而给予额外的从轻或从重处罚。不过，如果其存在干扰司法程序、隐匿毁灭证据等恶劣行为，法官可能会在法定刑幅度内酌情从重处罚。
三、总结与建议
- 重视证据链的完整性：在同案犯不认罪的情况下，证据链的完整性尤为重要。司法机关应继续深入调查取证，确保所有证据都经过法定程序查证属实。
- 公正合法处理案件：司法机关应秉持公正、合法的原则处理案件，不因某一个人的认罪与否而轻易改变对案件的定性和量刑。
- 尊重被告人权利：在司法程序中，应充分尊重被告人的合法权利，包括其申辩权和质证权等。
综上所述，同案犯中有一个人不认罪并不会阻碍司法程序的进行。司法机关会依据在案证据综合判断案件事实，并依法对被告人进行定罪量刑。同时，也会充分尊重被告人的合法权利，确保司法程序的公正性和合法性。