在团伙作案中，如果遇到好几个成员不认罪认罚的情况，司法机关会依据法定程序，全面且客观地处理整个案件，确保法律的正确实施和案件的公正裁决。以下是从侦查到审判各个阶段，针对这种情况的详细分析和建议：
侦查阶段
全面深入侦查：公安机关不会因为部分成员不认罪就停止侦查工作。他们会继续全面、深入地搜集与案件相关的各类证据，包括但不限于物证、书证、证人证言、视听资料以及电子数据等。通过勘查现场、调取监控、走访证人等多种手段，构建一个完整的证据体系。
审查同案犯供述：公安机关会细致审查和比对其他同案犯的供述，判断其真实性和关联性。如果同案犯的供述能够相互印证，形成一条完整的证据链条，那么即使有人不认罪，这条证据链也可以作为定案的重要依据。当然，在审查过程中，公安机关也会谨慎对待同案犯的供述，防止出现串供、诬陷等情况。
审查起诉阶段
严格证据审查：检察机关会对公安机关移送的证据材料进行严格审查，确保这些证据确实、充分，能够证明犯罪事实。如果发现证据存在疑问或瑕疵，检察机关会要求公安机关进行补充侦查或重新取证。
讯问与教育：检察机关会亲自讯问不认罪的犯罪嫌疑人，听取他们的辩解，并通过法律教育帮助他们理解案件的性质和后果，引导他们正确面对法律责任。如果犯罪嫌疑人的辩解合理，检察机关会将其作为案件处理的重要参考。
综合决定起诉：在综合考虑全案证据和事实的基础上，检察机关会决定是否提起公诉。如果证据足以证明犯罪事实，即使有人不认罪，检察机关也会依法提起公诉。
审判阶段
法庭调查与质证：在法庭审理过程中，公诉人会出示证据，被告人及其辩护人则有权进行质证。不认罪的被告人可以对证据的合法性、真实性和关联性提出质疑和反驳，以确保证据的公正性。
充分听取意见：法庭会充分听取各方意见和辩论，包括公诉人、被告人及其辩护人、被害人及其诉讼代理人等。不认罪的被告人可以在法庭上进行自我辩护，阐述自己无罪或罪轻的理由。
依法裁判：法官会根据庭审中查明的事实和证据，依照法律规定作出判决。如果证据确实、充分，能够排除合理怀疑地证明被告人有罪，那么即使被告人不认罪，法院也会依法作出有罪判决；反之，如果证据不足或存在合理怀疑，法院则会作出无罪判决。
特别建议
法律教育与沟通：对于那些因误解案情或无知法律而不认罪的团伙成员，律师和司法机关应积极开展法律教育和沟通工作，帮助他们认识错误，正确面对法律责任。
保障合法权益：在处理团伙作案时，司法机关需要特别注重证据的收集和审查工作，确保案件的公正性和准确性。同时，也要充分保障犯罪嫌疑人的合法权益，如辩护权、申诉权等。
综上所述，团伙作案中个别成员不认罪认罚并不影响司法机关对整个案件的处理。司法机关会依法进行调查、审查、起诉和审判工作，确保案件的公正、准确和合法。